Biota: Cladus

Pan-Biota appellatur is cladus phylogeneticus qui vitam ab initio usque ad homines comprehendit. Sic definitur ab ipso Wagner: "Panbiota": the first ancestor of Homo sapiens and all of its descendants, i.e. "Hominis sapientis progenitor omnesque suae proles". Idem cladus secundum regulas phylogeneticas recentiores in "Pan-Biota (Wagner, 2004)" a Queiroz et al. (2020) rite rescripta est, definitione emendata.

De nomine

Biota est vocabulum originis recentis, in lingua Anglica a biot- (vita) et suffixo -a formatum, sed similis est voci Graeco βιοτή, synonymo βίος, "vita".

Synonymum huius notionis est Bionta, nunc taxon defunctum habitum, creatum a Lee Barker Walton anno 1930, ad omnia viventia denominanda, quod in tria subregna divisa erat: Protistodeas, Metaphytodeas (plantas multicellulares), et Zoodeas (animalia multicellularia).

Index taxonomicus et exempla vitae

Imperium: Vira (virus: est parasitus intracellularis, dubium est an animal sit)
Imperium: Cellulata

Superregio: Bacteria

Regio: Bacteria (utraque supra Eubacteria sunt, olim: Procaryota / Monera?)

Superregio: Archocaryota

Regio: Archaea / Archaebacteria

Regio: Eucaryota (qui nucleum habent in cellulis)

Subregio: Uniconta / Sarcomastigota (qui flagellum habent, ut: Eumycota, Amoebozoa, Choanozoa, Metazoa,...)

Infraregio: Opisthoconta (qui flagello propelluntur, vide regna: Fungi & Animalia)

Subregio: Biconta / Biciliata (vide infra: Chromalveolata, Excavata, Rhizaria, Archaeplastida, Apusozoa?)

Regna

Regna: Protista (Archae-/ Protozoa, Protophyta), Fungi, Chromista?, Plantae & Animalia
(Supergreges: Amoebozoa, Archaeplastida, Chromalveolata, Excavata, Opisthoconta & Rhizaria)

Regnum: Protista

Regnum: Protista (qui plurimum unam cellulam habent: plancton)
Subregnum: Gymnomyxa (Lancester 1878), Protozoa, Archaezoa (obsol.)
Subregnum: Sarcomastigota (=Uniconta?)
- (Phylum: Choanozoa (Cavalier-Smith 1981/83) / Neomonada (Cavalier-Smith, 1997)
  - Phylum: Sarcomastigophora (=Flagellata + Rhizopoda)
  - Superclassis: Mastigophora / Flagellata
    - Classis: Zoomastigophorea / Zoomastigina (Honigberg et al., 1964)
      - Ordo: Cryptomonadina, Trichomonadida, etc.
      - Ordo: Choanoflagellida
      - Ordo: Dinoflagellata (Phylum: Dinozoa?)
      - Ordo: Euglenida / Euglenoidina (euglena) (Phylum: Euglenozoa?)
      - Ordo: Cinetoplastida
      - Ordo: Oxymonadida
      - Ordo: Rhizomastigida, Hypermastigida etc.
- Phylum: Rhizopoda / Sarcodina / Amoebozoa (Cavalier-Smith 1998, olim: regnum Archezoa)
- (Pseudophylum Rhizopoda etiam continet Pseudopodia ut: Foraminifera, Heliozoa, Radiolaria)
  - Subphylum / Grex: Lobosa (Carpenter 1861 stat. nov. Cavalier-Smith 1997 em.)
    - Classis: Tubulinea:
      - Ordo: Amoebida / Amoebina (amoeba)
    - Classis: & Flabellinea
      - Ordo: Testacea (Thecamoeba?)
  - Subphylum / Grex: Conosa
  - Infraphylum: Archamoebae (chaos, pelomyxa, mastigina)
  - Infraphylum: Mycetozoa (Haeckel 1904)
    - Classis: Eumycetozoa (verus fungus mucidus)
    - Subclassis: Myxogastria (olim: Myxomycetes / Myxomycota, plasmodialis fungus mucidus), Dictyo-/ & Protostelia/-ida?)
      - Ordo: Physariida
        Familia: Physaridae (fuligo)
    - Classis: Acrasiomycetes (cellularis fungus mucidus)
    - Subclassis: Euplasmodida

Subregnum: Corticata (Lankester 1878)
(=Archaeplastida & Chromalveolata, Excavata & Rhizaria = Cabozoa C.Smith)
(Subregnum: Biciliata (=Biconta?)
(Subregnum: (A)dictyozoa (Cavalier-Smith 1991) // Neozoa
- Infraregnum / Superphylum Alveolata (Cavalier-Smith, 1991): Endoymbiosis!
  - Phylum: Apicomplexa
    - Classis: Sporozoa (plasmodium)
  - Phylum: Ciliophora / Ciliata
    - Classis: Oligohymenophorea (paramecium)
Infraregnum: Excavata (qui cystostomam (cavum vel sulcum ventralem) habent, Cavalier-Smith, 2003)
- Superphylum: Discicristata
  - (Sub)Phylum: Percolozoa
  - (Sub)Phylum: Euglenozoa (Cavalier-Smith, 1981) // Euglenophyta
    - Classes: Euglenida, Cinetoplastea (Honigberg, 1963)
  - Phylum: Metamonada
  - Subphylum: Anaeromonada, Classis: Anaeromonadea (Ordo: Oxymonadida)
  - Subphylum: Trichozoa CS1997), Ramus: Parabasalia (Honigberg, 1973 / Cavalier-Smith, 2003)
  - Infraregnum / Phylum: Rhizaria (Cavalier-Smith, 1987/2002)
    - Subclassis: Actinopoda (protista amoeboides cum testis)
      - Ordo: Apusozoa (Apusomonadida, Ancyromonadida & Hemimastigida, Cavalier-Smith 1997, 2002/3)
      - Ordo: Cercozoa
      - Ordo: Foraminifera (Retaria?)
      - Ordo: Heliozoa, Radiolaria

Regnum: Chromista

Regnum: Chromista (Cavalier-Smith 1981) // Chromalveolata (?)
- Infraregnum: Chromobionta / Phylum: Heteroconta / Stramenopila (Cavalier-Smith, 1986)
  - Phylum Heterocontophyta (=Phaeophyta / Fucophyta: fucus)
  - Phylum Chrysophyta (Bacillariophyceae: Diatomae (algae silicatae)
  - Phylum Oomycetes (fungus aquatilis), Cavalier-Smith, 1981)
  - Phylum Cryptomonadida (algae minutissimae biflagellatae)
  - Phylum Haptophyta (algae calcariae)
  - Phylum Chromophyta / Ochrophyta (?), Xanthophyta (?)
- Supergrex: Archaeplastida (Adl &al. 2005) / Primoplantae (Palmer &al. 2004)
  - Phyla: Rhodophyta, Glaucophyta (algae) // Chlorophyta, Embryophyta (plantae)

Regnum: Fungi

Regnum: Fungi / Mycota (fungus)
- Divisio / Subregnum: Myxomycota (vide et amoebozoa)
- Divisio / Subregnum: Eumycota
  - Divisio (Phylum): Basidiomycota
    - Classis: Basidiomycetes / Agaricomycetes / Hymenomycetes (?)
    - Subclassis: Agaricomycetidae
      - Ordo: Agaricales (agaricus)
      - Ordo: Boletales (boletus)
  - Divisio (Phylum): Euascomycota (multi fungi filamentosi)
  - Divisio (Phylum): Ascomycota / Pezizomycota
  - Subdivisio: Ascomycotina / Pezizomycotina
    - Classis: Ascomycetes / Pezizomycetes
      - Ordo: Pezizales (morchella, tuber)
    - Classis: Eurotiomycetes (?)
    - Subclassis: Eurotiomycetidae
      - Ordo: Eurotiales
        Familie: Trichocomaceae (aspergillus, penicillium)
  - Subdivisio: Saccharomycotina
  - Divisio (Phylum): Zygomycota

Regnum: Plantae

Regnum: Plantae / Vegetabilia
(Subregnum / (Gradus: Protophyta (algae & Heterocontophyta vide supra)
Subregnum: Metabionta // Histonia (Haeckel 1904)
Infraregnum / Superdivisio: Embryophyta
- (Super)Divisio: Bryophyta (musci)
  - Divisio: Pteridophyta (filices)
    - Classis: Pteridopsida
      - Ordo: Cyatheales (filices arborescentes)
        Familia: Cyatheaceae
        
        Familia: Dicksoniaceae
  - Divisio: Lycophyta / Lycopodiophyta
    - Classis: Selaginellopsida
      - Ordo: Selaginellales (Selaginella)
  - Subdivisio: Lycophytina (lycopodium)
- (Super)Divisio: Spermatophyta
  - Divisio: Gymnospermae (Coniferophytina / Pinophyta)
  - Subdivisio: Cycadophytina
  - Subdivisio: Gnetophytina
  - Subdivisio: Ginkgophytina
  - Subdivisio: Pinophytina
    - Classis: Pinopsida (?)
      - Ordo: Pinales
        Familia: Araucariaceae
        
        Familia: Cupressaceae
        
        Familia: Pinaceae (abies, Pinus)
        
        Familia: Podocarpaceae
        
        Familia: Taxaceae (taxus)
- Divisio: Angiospermae (Magnoliophyta)
  - Subdivisio: Magnoliophytina
    - Classis: Monocotyledonae (Liliopsida / Liliatae)
    - Subclassis: Liliidae
      - (Superdordo: Commeliniflorae / Bromeliiflorae (?)
      - Ordo: Asparagales (asparagus)
      - Ordo: Dioscoreales (batata)
      - Ordo: Liliales (lilium, tulipa)
      - Ordo: Nymphaeales (lotos)
      - Ordo: Orchidales (Orchis)
      - Ordo: Pandanales
      - Ordo: Poales (gramen, bambusa)
    - Subclassis: Zingiberidae
      - Superordo: Zingiberiflorae
      - Ordo: Zingiberales (zingiber)
        Familia: Bromeliaceae (Ananas)
    - Classis: Dicotyledonae (Magnoliopsida / Magnoliatae)
    - Subclassis: Asteridae
      - Ordo: Asterales (chrysanthemum)
      - Ordo: Campanulales
      - Ordo: Ericales (Rhododendron)
        Familia: Actinidiaceae (Actinidia)
        
        Familia: Sapotaceae
        
        Familia: Balsaminaceae (impatiens)
      - Ordo: Gentianales
        Familia: Apocynaceae
      - Ordo: Lamiales (Ocimum basilicum, Mentha, Salvia)
      - Ordo: Rubiales
        Familia: Rubiaceae (Coffea)
      - Ordo: Scrophulariales
      - Ordo: Solanales
        Familia: Solanaceae (Lycopersicon, Capsicum, Solanum tuberosum)
    - Subclassis: Caryophyllidae
      - Ordo: Caryophyllales
        Familia: Aizoaceae
        
        Familia: Amaranthaceae (spinacia)
        
        Familia: Basellaceae (basella)
        
        Familia: Cactaceae (cactus, opuntia)
        
        Familia: Caryophyllaceae
        
        Familia: Chenopodiaceae
        
        Familia: Nyctaginaceae
        
        Familia: Phytolaccaceae
        
        Familia: Portulacaceae
      - Ordo: Polygonales
      - Ordo: Plumbaginales
    - Subclassis: Dilleniidae
      - Ordo: Guttiferales / Parietales
        Familia: Clusiaceae (hypericum)
      - Ordo: Begoniales
      - Ordo: Caricales
      - Ordo: Capparales (capparis)
        Familia: Cruciferae / Brassicaceae (raphanus)
      - Ordo: Dilleniales
      - Ordo: Ebenales (diospyrus)
      - Ordo: Ericales (Calluna, Vaccinum)
      - Ordo: Malvales
      - Ordo: Moringales
      - Ordo: Nepenthales
      - Ordo: Passiflorales
      - Ordo: Primulales
      - Ordo: Salicales (Salix)
      - Ordo: Tamariscales
      - Ordo: Theales (Thea)
      - Ordo: Violales (viola)
        Familia: Flacourtiaceae
        
        Familia: Tamariscaceae?
    - Subclassis: Hamamelidae
      - Superordo: Hamamelidanae
      - Ordo: Fagales
        Familia: Betulaceae (alnus, castanea, corylus)
      - Ordo: Urticales
        Familia: Moraceae (morus)
    - Subclassis: Magnoliidae
      - Superordo: Magnolianae / Magnoliiflorae (?)
      - Ordo: Laurales (laurus, cinnamomum, persea)
      - Ordo: Magnoliales
      - Subordo: Magnoliineae
        Familia: Magnoliaceae
        
        Subfamilia: Magnolioideae
        Tribus: Magnolieae
        
        Subtribus: Magnoliinae
        Genus: Magnolia
      - Ordo: Papaverales (Papaver)
      - Ordo: Piperales (piper)
      - Ordo: Ranunculales (anemona)
    - Subclassis: Rosidae
      - Superordo: Aralianae
      - Ordo: Apiales
        Familia: Araliaceae
        
        Familia: Apiaceae
      - Ordo: Araliales
        Familia: Araliaceae
        
        Familia: Hydrocotylaceae
        
        Familia: Apiaceae (apium, daucus, allium, porrum)
      - Ordo: Dipsacales (valeriana)
        Familia: Caprifoliaceae
        
        Familia: Dipsacaceae
      - Superordo: Celastranae (Disciflorae)
      - Ordo: Aquifoliales
      - Ordo: Celastrales
      - Superordo: Cornanae
      - Ordo: Fabales (faba)
      - Ordo: Geraniales (geranium)
      - Ordo: Hydrangeales
      - Ordo: Cornales
        Familia: Alangiaceae
        
        Familia: Nyssoideae
      - Superordo: Rosanae
      - Ordo: Celastrales
      - Ordo: Euphorbiales (ricinus)
      - Ordo: Fabales (Leguminosae)
      - Ordo: Geraniales
      - Ordo: Myrtales
        Familia: Myrtaceae (eucalyptus, murtus, syzygium)
        
        Familia: Onagraceae
      - Ordo: Rhamnales (rhamnus)
      - Ordo: Rhizophorales
      - Ordo: Rosales (rosa, rubus, prunus, pyrus, cerasus, fragaria)
      - Ordo: Santalales (santalum)
      - Ordo: Sapindales
        Familia: Rutaceae (citrus)
      - Ordo: Saxifragales
      - Subordo: Saxifragineae
        Familia: Crassulaceae
        
        Familia: Grossulariaceae (ribes)
      - Ordo: Thymeleales
      - Subordo: Vitineae
        Familia: Vitaceae (vitis / uva)

Regnum: Animalia

Regnum: Animalia
(Sub)Regna "Archezoa, Protozoa" vide supra)
Subregnum (Gradus?): Metazoa, Metabionta (qui plures cellulas habent (Histonia Haeckel 1904)
Infraregnum: Epitheliozoa (qui tegumentum habent?)
- Parvregnum: Parazoa (qui tela carent)
  - Phylum: Porifera / Spongiaria
  - Subphylum: Cellularia
    - Classis: Demospongiae (spongia)
(Infraregnum: Eucoelomata (qui cavum intra corpus habent: Annelida, Arthropoda, Brachiopoda, Bryozoa)
Parvregnum (Subgradus): Eumetazoa / Histozoa (qui telam cellulosam habent: Cnidaria, Ctenophora)
- Superramus: Acrosomata (qui spermio similes sunt?)
- Ramus (Subregnum / Superphylum?): Radiata /-alia: (Diploblastica?)
  - Phylum: Coelenterata / Cnidaria?
    - Classis: Hydrozoa (hydra)
    - Classis: Scyphozoa (medusa)
  - Classis: Anthozoa (corallium, anemona)
- Phylum: Echinodermata
- Subphylum: Echinozoa
  - Classis: Echinoidea (echinus marinus)
  - Classis: Holothuroidea
- Ramus: Bilateria /-alia: (qui duae partes corporis aequales habent, Triploblastica?)
- Subramus: Nephrozoa, Eucoelomata (?)
  - Superphylum (Cladus): Protostomia (qui primo orificio ore utuntur: Annelidae, Arthropoda, Mollusca)
  - Phylum: Mollusca
    - Classis: Gastropoda (cochlea & limax)
    - Classis: Cephalopoda (sepia & octopus)
  - Phylum: Annelida
    - Classis: Sipunculida
    - Classis: Polychaeta (vermis marinus)
    - Classis: Oligochaeta
      - Familia: Lumbricidae (lumbricus)
    - Classis: Hirudinea
      - Familia: Hirudinidae (hirudo)
  - Phylum: Arthropoda
  - Subphylum: Chelicerata
    - Classis: Arachnida
    - Subclassis: Acarina / Acari
      - Superordo: Parasitiformes
      - Ordo: Ixodida
  - Subphylum: Crustacea
    - Classis: Malacostraca
      - Ordo: Decapoda
      - Subordo: Macrura (cammarus, locusta marina)
      - Subordo: Brachyura (cancer)
    - Classis: Trilobita
    - Classis: Merostomata / Palaeostraca
      - Ordo: Xiphosura (?)
    - Classis: Arachnida (aranea)
      - Ordo: Scorpionida (scorpio)
    - Classis: Myriopoda (centipes & scolopendra)
    - Classis: Insecta
      - Ordo: Blattodea (blatta)
      - Ordo: Odonata (libella & libellula)
      - Ordo: Isoptera (termes)
      - Ordo: Orthoptera (locusta & gryllus)
      - Ordo: Homoptera (cicada & aphis)
      - Ordo: Hemiptera (cimex)
      - Ordo: Coleoptera (scarabaeus)
      - Ordo: Hymenoptera (apis & formica)
      - Ordo: Diptera (muscae)
      - Ordo: Siphonaptera / Aphaniptera (pulex)
      - Ordo: Lepidoptera (papilio)
  - Superphylum (Gradus / Cladus): Deuterostomia (Echinodermata, Chordata)
  - Phylum: Echinodermata
    - Classis: Asteroidea (?)
  - (Superphylum / Infraregnum?: Chordonia)
  - Phylum: Chordata
  - Subphylum: Notochordata?
  - (Infraphylum: Craniota?
  - (Parvphylum: Vertebrata / Myopterygia?
  - (Infimphylum (Cladus): Gnathostomata)
  - (Subcladus: Osteognathostomata
  - (Parvcladus: Choanata (?)
    - (Series: Chondrichthiomorphi?)
    - Classis: Chondrichthyes, Chondrostei (?)
    - Subclassis: Elasmobranchii (selachus, raia)
    - Subclassis: Holocephali (chimaeras)
    - Superclassis (Series): Osteichthyes (Pisces)
    - Classis: Sarcopterygii / Choanichthyes
    - Subclassis / Ordo: Crossopterygii / Coelacanthimorpha (Actinista)
    - Subclassis / Ordo: Dipnoi
    - Classis: Actinopterygii (piscis)
    - Subclassis: Teleostei
      - Ordo: Anguilliformes (anguilla)
      - Ordo: Clupeiformes (clupea, harengus?)
      - Ordo: Cypriniformes (cyprinus)
      - Ordo: Siluriformes (silurus)
      - Ordo: Perciformes (perca)
  - (Series / Superclassis?: Tetrapoda
  - (Subseries / Infraclassis?: Amphibia // Amniota
    - Classis: Amphibia
      - Ordo: Salienta (rana & bufo)
      - Ordo: Caudata (salamandra)
    - Classis: Reptilia (diapsida)
      - Ordo: Saurischida (olim: Dinosauria)
      - Ordo: Squamata (lacerta)
      - Ordo: Ophidia (serpens)
      - Ordo: Crocodylia (crocodylus)
      - Ordo: Testudinata (testudo) (anapsida)
    - Classis: Aves (diapsida)
      - Ordo: Struthioniformes (struthio)
      - Ordo: Ciconiformes (ciconia)
      - Ordo: Anseriformes (anas, anser, cygnus)
      - Ordo: Falconiformes (falco)
        Familia: Accipitridae (aquila, vultur)
      - Ordo: Galliformes (phasianus, pavo)
      - Ordo: Passeriformes
        Familia: Passeridae (passer)
        
        Familia: Hirundinidae (hirundo)
        
        Familia: Sturnidae (sturnus)
        
        Familia: Corvidae (cornix, pica)
        
        Familia: Fringillidae (fringilla)
      - Ordo: Piciformes
        Familia: Picidae (picus)
    - Classis: Mammalia (diapsida)
    - Subclassis: Theria
    - Infraclassis: Prototheria
      - Subordo: Monotremata / Platypoda
        Familia: Ornithorhynchidae
    - Infraclassis: Metatheria / Marsupialia
    - Infraclassis: Eutheria / Monodelphia / Placentalia
      - Ordo: Diprotodontia
        Familia: Diadelphidae (opossum?)
        
        Familia: Phascolarctidae (koala?)
      - Superordo: Euarchontoglires / Supraprimates
      - Ordo: Chiroptera (vespertilio)
      - Ordo: Carnivora
        Familia: Canidae (lupus, canis, vulpes)
        
        Familia: Felidae (feles/felis, tigris, leo, panthera etc.)
        
        Familia: Ursidae (ursus)
      - Ordo: Cetacea (balaena)
      - Ordo: Proboscidea (elephas)
      - Ordo: Perissodactyla (equus etc.)
      - Ordo: Artiodactyla
        Familia: Suidae (sus)
        
        Familia: Camelidae (camelus)
        
        Familia: Cervidae (cervus)
        
        Familia: Bovidae (bos)
      - Ordo: Rodentia (sciurus & mus)
      - Ordo: Lagomorpha (lepus)
      - Ordo: Primates (simia & macaca)
      - Subordo: Haplorrhini
      - Infraordo: Anthropoidea
      - Parvordo: Catarrhini
        Superfamilia: Hominoidea
        
        Familia: Hominidae
        
        Subfamilia: Homininae (afric.), Ponginae (asiat.)
        Tribus: Hominini
        
        Subtribus: Hominina
        Genus: Homo
        Species: Homo sapiens

Notae

Bibliographia

Michael A. Ruggiero et al., "A Higher Level Classification of All Living Organisms" in PLOS One (29 Aprilis 2015)
Kevin de Queiroz, Philip D. Cantino, Jacques A. Gauthier, Phylonyms: A Companion to the PhyloCode (CRC Press, 2020)
J. R. Wagner, "The general case of phylogenetic definitions, alternate classes of definitions, and the phylogenetic definition of Life (with a capital L)" in Michel Laurin et al, edd., First International Phylogenetic Nomenclature Meeting 8 (2004)
Walton, Lee Barker. "Studies Concerning Organisms Occuring in Water Supplies With Particular Reference to Those Founded in Ohio" in Ohio Biological Survey Bulletin, 24 (1930), pp.1-86.

Nexus interni

Abiogenesis

Nexus externi

Situs scientifici: • Encyclopedia of Life • WoRMS: Marine Species • Fossilworks

Fungus micidus

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