Kleópatra 3.

– 101 f.Kr.) var drottning Egyptalands á tímum Ptólemajaríkisins.

Kleópatra var dóttir Ptólemajosar 6. og Kleópötru 2. sem var bæði systir hans og eiginkona. Alsystkini hennar voru meðal annarra Ptólemajos Evpator og Kleópatra Þea. Foreldrar hennar deildu völdum með bróður sínum, Ptólemajosi 8. Fyskon. Eftir að faðir hennar lést af sárum sem hann hlaut í orrustunni við Antíokkíu gegn Alexander Balas gerðist frændi hennar konungur og gekk að eiga móður hennar.

Um árið 139 f.Kr. gekk hún að eiga frænda sinn, Ptólemajos 8. í óþökk móður sinnar sem leiddi uppreisn gegn þeim 132 f.Kr. Þau flúðu þá til Kýpur með börn sín; Ptólemajos 9., Trýfaínu, Ptólemajos 10., Kleópötru 4. og Kleópötru Selenu 1. Árið 127 f.Kr. náði Fyskon aftur völdum og 124 f.Kr. sættust þau Kleópatra 2.

Við lát hans 116 f.Kr. erfði hún völdin. Hann bauð henni að kjósa sér sem meðstjórnanda hvern þann af sonum þeirra sem hún vildi. Hún vildi helst ríkja með yngri syninum, Ptólemajosi 10., en íbúar Alexandríu vildu heldur fá Ptólemajos 9. og hún samþykkti það treglega. Hann var þá giftur systur sinni, Kleópötru 4., en móðir hans hrakti hana burt og lét hann giftast Kleópötru Selenu í staðinn. Síðar hélt hún því fram að hann hefði reynt að drepa sig, svipti hann völdum árið 107 f.Kr. og gerði bróður hans að konungi. Árið 101 f.Kr. lét hann myrða móður sína og ríkti eftir það einn með eiginkonu sinni, Bereníku 3.