Die Fraunhofer-Gesellschaft besteht aus mehr als 80 Forschungseinrichtungen.
(Stand Dezember 2020: „74 Institute und Forschungseinrichtungen an Standorten in ganz Deutschland“) Den hier genannten Instituten ist im Namen jeweils „Fraunhofer-Institut für“ voranzusetzen. „Fraunhofer-Einrichtungen“ und „Fraunhofer-Zentren“ sind eigens gekennzeichnet. Das Gründungsjahr bezieht sich bei Eingliederungen bestehender Institute in die Fraunhofer-Gesellschaft auf das Jahr dieser Eingliederung.
Die Fraunhofer-Verbünde sind eine Organisationsstruktur, die Institute thematisch clustert. Für jeden Verbund wird aus dem Kreis der Institutsleiter der Mitgliedsinstitute ein Vorsitzender gewählt. Dieser ist Mitglied des Präsidiums der Fraunhofer-Gesellschaft. Jedes Institut ist Mitglied in genau einem Verbund und kann Gastmitgliedschaften in weiteren Verbünden beantragen. Derzeit gibt es in der Fraunhofer-Gesellschaft sieben Verbünde:
In Kooperation mit Fachhochschulen betreiben Fraunhofer-Institute mehrere Anwendungszentren:
Eine besondere Organisationsform stellen die Fraunhofer-Innovationscluster dar. In diesen sind ein oder mehrere Fraunhofer-Institute, weitere Forschungseinrichtungen wie Universitäten oder Fachhochschulen und Industriepartner miteinander vernetzt.
Zusätzlich zu den Instituten in Deutschland gibt es weltweit weitere Zentren der Fraunhofer-Gesellschaft.
Die Niederlassung in den USA, Fraunhofer USA, umfasst folgende sieben Zentren:
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