Chemspider

A base de datos contén información sobre máis de 30 millóns de moléculas distintas procedentes dunhas 450 fontes de datos, como:

• EPA DSSTox
• FDA norteamericana
• Human Metabolome Database
• Journal of Heterocyclic Chemistry
• KEGG
• KUMGM
• LeadScope
• LipidMAPS
• Marinlit
• MDPI
• MICAD
• MLSMR
• MMDB
• MOLI
• MTDP
• Nanogen
• Nature Chemical Biology
• NCGC
• NIAID
• Institutos Nacionais da Saúde dos Estados Unidos (NIH)
• NINDS Approved Drug Screening Program
• NIST
• NIST Chemistry WebBook
• NMMLSC
• NMRShiftDB
• PANACHE
• PCMD
• PDSP
• Peptides
• Prous Science Drugs of the Future
• QSAR
• R&D Chemicals
• San Diego Center for Chemical Genomics
• SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
• SMID
• Specs
• Structural Genomics Consortium
• SureChem
• Synthon-Lab
• Thomson Pharma
• Total TOSLab Building-Blocks
• UM-BBD
• UPCMLD
• UsefulChem
• Web of Science
• xPharm
• ZINC

Cada composto químico posúe un identficador exclusivo, que forma parte dunha URL correspondente. Por exemplo, a acetona é o composto 175, e así a súa URL é http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

A base de datos ChemSpider pode ser actualizada con contribucións dos usuarios, incluíndo achegas de estruturas químicas, espectros e revisións dos usuarios. Ten un enfoque de recollida pública de fontes (crowdsourcing). A revisión dos datos feita desta maneira xerou un dicionario de nomes químicos asociados con estruturas químicas que foi utilizado en aplicacións de minado de textos (text-mining) da literatura química e biomédica.

Porén, os dereitos da base de datos non son de dominio público e non está dispoñible unha vertedura de datos (data dump); de feito, as "preguntas formuladas frecuentemente" (FAQ) mesmo indican que só se permiten descargas limitadas. Por tanto, o dereito de ramificación (facer variantes dun software ou right to fork) non está garantido e o proxecto non pode ser considerado libre/aberto.

Proporciónanse varios módulos de busca de datos:

• A busca estándar permite procurar polos nomes sistemáticos, nomes comerciais e sinónimos e números de rexistro.
• A busca avanzada permite a procura interactiva por estrutura e subestrutura química, usando tamén a fórmula molecular e o rango de peso molecular, por números CAS, subministradores etc. A busca pode usarse para ampliar ou restrinxir os resultados xa atopados.
• A busca de estruturas con aparellos telefónicos móbiles pode facerse usando apps libres para iOS (iPhone/iPod/iPad) e para os que funcionan con Android.

A base de datos ChemSpider foi utilizada en combinación con minado de textos como a base da etiquetaxe de documentos químicos (markup language). ChemMantis, o Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System usa algoritmos para identificar e extraer nomes químicos de documentos e páxinas web e converte os nomes químicos en estruturas químicas usando algoritmos de conversión de nome-a-estrutura e buscas de dicionario na base de datos ChemSpider. O resultado é un sistema integrado entre documentos químicos e a busca de información por medio de ChemSpider nunhas 150 fontes de datos.

ChemSpider foi adquirido pola Royal Society of Chemistry (RSC) británica en 2009. Antes desta compra, ChemSpider estaba controlada por unha compañía privada, ChemZoo Inc. O sistema foi lanzado primeiramente en 2007 en forma dun desenvolvemento beta e transicionado en 2008. ChemSpider expandiu o seu soporte xenérico dunha base de datos químicos para incluír o soporte dunha colección de estruturas químicas de Wiki por medio da súa aplicación WiChempedia.

Están dispoñibles varios servizos en liña, como a conversión dos nomes químicos a estruturas químicas, a xeración de cadeas de datos SMILES e InChI e a predición de moitos parámetros fisicoquímicos e a integración nun servizo web que permite a predición NMR.

"SyntheticPages"

SyntheticPages é unha base de datos interactiva libre de procedementos de química sintética operada pola Royal Society of Chemistry británica. Os usuarios envían procedementos sintéticos que realizaron eles mesmos para a súa publicación no sitio web. Estes procedementos poden ser traballos orixinais, pero máis a miúdio están baseados en reaccións que aparecen na literatura. As citas do procedemento orixinal publicado fanse cando é apropiado. Son comprobadas por un editor científico antes de seren publicadas na web. As páxinas non pasan por unha revisión por pares formal como ocorre normalmente cos artigos de revistas científicas, pero os usuarios rexistrados poden facer comentarios. Os comentarios son tamén moderados por editores científicos. A intención é recompilar experiencias prácticas de como realizar síntese química útil no laboratorio. Aínda que os métodos experimentais publicados nunha revista académica convencional están listados de forma formal e concisa, os procedementos en ChemSpider SyntheticPages danse con máis detalles prácticos. Recoméndase a informalidade. Os comentarios dos autores tamén se inclúen. Outras publicacións con cantidades comparables de detalles son Organic Syntheses e Inorganic Syntheses. O sitio de SyntheticPages foi estsablecido orixinalmente polos profesores Kevin Booker-Milburn (Universidade de Bristol), Stephen Caddick (University College de Londres), Peter Scott (Universidade de Warwick) e Dr Max Hammond. En 2010 anunciouse a fusión co motor de busca de estruturas químicas ChemSpider da Royal Society of Chemistry e a formación de ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).

Open PHACTS

ChemSpider é o depósito de compostros químicos como parte do proxecto Open PHACTS, unha Innovative Medicines Initiative. Open PHACTS desprega estándares abertos, acceso aberto, un enfoque de web semántica para abordar casos de pescozos de botella no descubrimento de pequenas moléculas farmacolóxicas, con fontes de información discrepantes, falta de estándares e sobrecarga de información.

Outros artigos

• eMolecules
• NIST
• PubChem
• DrugBank
• ChEBI
• ChEMBL