Nachdem er sich am Lehrbetrieb derselben beteiligt hatte, wurde er 1770 Adjunkt der philosophischen Fakultät. 1772 übernahm er die Stelle eines Garnisonspredigers und dritten Diakons an der Jenaer Stadtkirche St. Michael, wo er 1776 zum zweiten Diakon aufstieg. 1783 erhielt er eine Berufung zum dritten Professor der Theologie an der Salana, woraufhin er am 11. September 1784 zum Doktor der Theologie promoviert wurde und das Amt am 18. September desselben Jahres übernahm. 1792 stieg er zum zweiten ordentlichen Professor der Theologie auf. Schmid der vom Lehrgebäude der lutherischen Theologie geprägt war, entwickelte sich unter dem Einfluss von Ernst Jakob Danovius zu einem Anhänger der Ideen des Rationalismus Immanuel Kants. Dies brachte ihn auch den Namen Moralschmid ein, welchen er als einer der ersten theologischen Rationalisten des 18. Jahrhunderts erhalten hatte. Schmid beteiligte sich auch an den organisatorischen Aufgaben der Jenaer Hochschule. So war er einige Male Dekan der theologischen Fakultät und in den Wintersemestern 1786, 1792, 1794 Rektor der Alma Mater.
Schmid hatte sich 1778 mit Katharina Marie Metike († 1813), Tochter des Rats und Amtmanns in Neuhaus, Johann Friedrich Theodor Metike, verheiratet. Aus der Ehe stammen zehn Kinder. Man kennt die Tochter Bernhardine Sophie Schmid (1778–1822), welche sich mit dem Professor der Theologie Carl Christian Erhard Schmid verheiratete. Der Sohn Karl Schmid (5. August 1793 in Jena; † 13. Oktober 1839) wurde Mediziner, arbeitete als Arzt in Sulza und verheiratete sich am 21. November 1820 mit der Pfarrerstochter aus Celle Dorette Lutmer. Der Sohn Alfred wurde Kaufmann in Plauen.
Werke (Auswahl)
Diss. Antiquitates Corinthiacae, Actor. XVIII. Jena 1761 (Präside Johann Ernst Immanuel Walch, Online)
Commentatio Philologica De Sacrificiis Et Libationibus Veterum Natalitiis. Jena 1762 (Präside Paul Wilhelm Schmid, Online)
Diss. I de dignitate atque splendore Augustanae confessionis externo ex comparatione cum reliquis confessionibus adparente. Jena 1770 (Online)
Diss. I Historica Historiam antiquarum gentium barbararum comprehendens. Jena 1770 (Resp. Johann Georg Lenz)
Diss. II Historia barbararum gentium antiquarum. Jena 1770 (Resp. Johann Christoph Langstedt)
Immortalitatis animorum doctrina historice et dogmatice spectata. Diss. II. Jena 1770
Diss. II De Dignitate Atqve Splendore Avgvstanae Confessionis Externo Ex Comparatione Cvm Reliqvis Confessionibvs Adparente. Jena 1771
Predigt von dem grossen Einfluss ausserordentlicher Begebenheiten auf die Beförderung unseres Christenthums. Jena 1774
Ueber den Geist der Sittenlehre Jesu und seiner Apostel. Jena 1790
Commentatio de eo, quod nimium est in comparanda doctrina rationis practicae purae et disciplina morum christiana. Jena 1791 (Online)
Kurzer Abriss der Religions- und Sittenlehre für die christliche Jugend. Jena 1791
Katechetisches Handbuch zum Gebrauch für akademische Vorlesungen und Uebungen. 1. Teil, Regeln der Katechetik, Jena 1791 (Online); 2. Teil, Katechetisches Lehrbuch, Jena 1791 (Online); 3. Teil, Beyspiele von Katechisationen, Jena 1792 (Online)
Progr. de populari usu praeceptorum rationis practicae purae. Jena 1792
Progr. quo diversus philosophiae ad doctrinam christianam habitus demonstratur. Jena 1793
Theologische Moral. Jena 1793 (Online), Frankfurt und Leipzig 1794 (Online)
Progr. Verae Nestorii de unione naturarum in Christo sententiae explicatio. Jena 1793
Lehrbuch der theologischen Moral für Vorlesungen. Jena 1794
Progr. Eutychis de unione naturarum in Christo sententia illustratur. Jena 1794
Progr. de Joanne a Jesu dilecto. Jena 1795 (Resp. Heinrich Eberhard Gottlob Paul, Online)
Historia Cerinthi Cvius Partem Priorem Ad Ivdaeochristianismvm Et Canonicae Apocalypseos Fata Illvstranda Pertingit. Jena 1795 (Online)
Progr. Comm. in qua remissionis peccatorum notio biblica indagatur. Partic. I. Jena 1795
Progr. Comm. in qua remissionis peccatorum notio biblica indagatur. Partic. II. Jena 1796
Progr. Comm. in qua remissionis peccatorum notio biblica indagatur. Partie. III. Jena 1797
Diss. inaug. De persuasione pro revelatione: eiusque stabiliendae modo rationis praeceptis consentaneo. Jena 1797 (Resp. Friedrich Immanuel Niethammer (1766–1848), Online)
Ueber christliche Religion, deren Beschaffenheit und zwechmässige Behandlung als Volkslehre und Wissenschaft für das gegenwärtige Zeitalter. Jena 1797, (Online)
Johann Rudolph Gottlieb Beyer: Allgemeines Magazin für Prediger nach den Bedürfnissen unserer Zeit. Siegfried Lebrecht Crusius, Leipzig, 1795, Band XI, Stück 5, S. 97 ff. (Selbstbiografie, 90209729 im VD 18.)
Johann Georg Meusel: Lexikon der vom Jahr 1750 bis 1800 verstorbenen teutschen Schriftsteller. Gerhard Fleischer d. J., Leipzig, 1812, Band 12, S. 291 (books.google.de)
Heinrich Döring: Die Gelehrten Theologen Deutschlands im achtzehnten und neunzehnten Jahrhundert. Johann Karl Gottfried Wagner, Neustadt an der Orla, 1833, Band 3, S. 820 (books.google.de)
Wendelin Koehler: Johannes Schmid’s Nachkommen. 400 Jahre Thüringer Familiengeschichte – fürstliche Beamte und Gelehrte. Band 2. Books on Demand, Norderstedt 2013, ISBN 978-3-8482-6489-6, S. 137 ff.
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