סיווג נגיפים

סיווג נגיפים הוא תהליך בהתהוות, עקרונות לסיווג נגיפים נתונים במחלוקת, והצעות חדשות עולות תדיר. הסיבה לכך נובעת מכך שנגיפים הוא גופיפים לא חיים שחלק ממאפיינהם הכימיים דומים ליצורים חיים, ולכן הם אינם מתאמים למערכות הטקסונומיה הביולוגית הקלאסית.

נגיפים מסווגים בעיקר על בסיס מאפיינים פנוטיפיים, כגון מורפולוגיה, סוג הגנום, שיטת שכפול, מאכסנים, וסוג המחלה לה הם גורמים. מיון הנגיפים הרשמי נעשה על ידי הוועדה הבין-לאומית לטקסונומיה של נגיפים (ICTV). סיווג בולטימור עשוי לשמש לחלוקת הנגיפים ל-7 קבוצות על בסיס סוג הגנום ושיטת ההכפלה שלהם. שיום רשמי ומיון מסועף נעשים על ידי ה-ICTV. הוצע קטלוג של כל הנגיפים הידועים.

מינים הם יחידות הבסיס למיון ביולוגי. בעבר ה-ICTV אימצה את העיקרון שמין נגיפי הוא קבוצה פוליתטית (קבוצה שבין חבריה מאפיינים רבים משותפים אך לא כולם) היוצרת שושלת הכפלה ותופסת נישה אקולוגית מסוימת. ביולי 2013 שינתה ה-ICTV את ההגדרה של מין נגיפי: "מין הוא קבוצה מונופילטיות של נגיפים שמאפייניהם יכולים להיות מובחנים ממאפייני מינים אחרים על בסיס קריטריונים רבים". נגיפים הם ישיות פיזיות בעוד שמינים וטקסונים אחרים הם מושגים מופשטים.

הוועדה לטקסונומיה בין-לאומית של נגיפים החלה לפתח שיטה לשיום ולמיון בתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20, תהליך המתמשך עד היום.

ה-ICTV הוא הגוף היחיד המוסמך על ידי ההתאחדות הבין-לאומית לאגודות מיקרובילוגיות (אנ'), ומטרתה לפתח, לשפר ולתחזק מערכת טקסונומית נגיפית אוניברסלית.

מערכת המיון חולקת מאפיינים רבים עם המערכת הקלאסית למיון אורגניזמים. אולם מערכת הנומנקלטורה שונה מאורגנזימים אחרים במספר נקודות.

אחד ההבלים הקטנים הוא שבמערכת למיון נגיפים, שמות הסדרות והמשפחות נכתבים בכתב נוטה, בשונה מהנהוג במערכות המיון של האצות והפטריות ומהקוד הבין-לאומי לנומנקלטורה זואולוגית.

מיון נגיפי מתחיל בטקסון Realm (תחום) וממשיך כך:

תחום (Realm); סיומת: -viria
תת-תחום (Subrealm); סיומת: -vira
ממלכה (Kingdom); סיומת: -viriae
תת-ממלכה (Subknigdom); סיומת: -virites
מערכה (Phylum); סיומת: -viricota
תת-מערכה (Subphylum); סיומת: -viricotina
מחלקה (Class); סיומת: -viricetes
תת-מחלקה (Subclass); סיומת: -viricetidae
סדרה (Order); סיומת: -virales
תת-סדרה (Suborder); סיומת: -virineae
משפחה (Family); סיומת: -viridae
תת-משפחה (Subfamily); סיומת: -virinae
סוג (Genus); סיומת: -virus
תת-סוג (Subgenus); סיומת: -virus
מין (Species)

שמות המינים נגזרים, לעיתים קרובות, בתבנית שם מחלה + סיומת virus, לדוגמה: Ebolavirus מורכב מ: Ebola + virus (גם שמות המינים בעברית מבוססים לעיתים קרובות על "נגיף" + שם מחלה. לדוגמה: נגיף הכלבת. נגיף + כלבת).

רוב משפחות הנגיפים אינם ממוקמות בעץ ההיררכיה הטקסונומית. נכון ל-2018 יש רק תחום (realm) אחד, 4 סדרות תחת טקסון ללא מקור, 46 משפחות תחת טקסון ללא מקור, ו-3 סוגים תחת טקסון ללא מקור.

 

  ערך מורחב – סיווג בולטימור

סיווג בולטימור. מתבסס על בסיס סוג הגנום ושיטת ההכפלה.

• קבוצה I – נגיפי DNA דו-גדילי ‏(dsDNA viruses), לדוגמה: Adenoviruses, נגיפי הרפס.
• קבוצה II – נגיפי DNA חד-גדילי חיובי ((+)ssDNA viruses; בעלי גדיל קריא, מובן), לדוגמה: Parvoviruses.
• קבוצה III – נגיפי RNA דו-גדילי (dsRNA viruses), לדוגמה: Reoviridae.
• קבוצה IV – נגיפי RNA חד-גדילי חיובי ((+)ssRNA viruses; בעלי גדיל קריא, מובן), לדוגמה: נגיפי קורונה.
• קבוצה V – נגיפי RNA חד-גדילי שלילי ((-)ssRNA viruses; בעלי גדיל מול-קריא, אנטי-מובן), לדוגמה: נגיפי שפעת.
• קבוצה VI – נגיפי שעתוק לאחור עם RNA חד-גדילי (ssRNA-RT viruses; רטורווירוסים בעלי גדיל קריא, היוצרים גדילי DNA מתווך במחזור החיים שלהם), לדוגמה: HIV.
• קבוצה VII – נגיפי שעתוק לאחור עם DNA דו-גדילי (dsDNA-RT viruses; שלהם RNA מתווך במחזור החיים), לדוגמה: Hepadnaviridae (ובכללם נגיף הפטיטיס B).

הולמס (1948) השתמש במערכת הנומנקלטורה הדו-שמית של קארולוס ליניאוס לשיום ולסיווג תחת הסדרה Virales ל-3 קבוצות על בסיס המאכסן:

• קבוצה I:‏ Phaginae (תוקפת בקטריות).
• קבוצה II:‏ Phytophaginae (תוקפת צמחים).
• קבוצה III:‏ Zoophaginae (תוקפת בעלי חיים).

מערכת LHT לסיווג נגיפים מבוססת על מאפיינים פיזיקליים וכימיים כגון סוג הגנום (DNA או RNA), סימטרייה, קיומה של מעטפת, קוטר הקפסיד ומספר הקפסומרים.

הסיווג הזה אושר על ידי הוועדה הפרוויזונלית לנומנקלטורה שך נגיפים (PNVC) של ההתאחדות הבין-לאומית לאגודות מיקרובילוגיות ב-1962, והיא בנויה כך:

• מערכה: Vira (מחולקת ל-2 תת-מערכות).

• תת-מערכה: Deoxyvira (נגיפי DNA)
• מחלקה: Deoxybinala (סימטרייה דואלית)
• סדרה: Urovirales
• משפחה: Phagoviridae
• מחלקה: Deoxyhelica (סימטרייה סלילית)
• סדרה: Chitovirales
• משפחה: Poxviridae
• מחלקה: Deoxycubica (סימטרייה קובית)
• סדרה: Peplovirales
• משפחה: Herpesviridae‏ (162 קפסומרים)
• סדרה: Haplovirales (ללא מעטפת)
• משפחה: Iridoviridae‏ (812 קפסומרים)
• משפחה: Papiloviridae‏ (72 קפסומרים)
• משפחה: Paroviridae‏ (32 קפסומרים)
• משפחה: Microviridae‏ (12קפסומרים)
• תת-מערכה: Ribovira(נגיפי RNA)
• מחלקה: Ribocubica
• סדרה: Togovirales
• משפחה: Arboviridae
• סדרה: Tymovirales
• משפחה: Napoviridae
• משפחה: Reoviridae
• מחלקה: Ribohelica
• סדרה: Sagovirales
• משפחה: Stomataviridae
• משפחה: Paramyxoviridae
• משפחה: Myxoviridae
• סדרה: Rhabdovirales
• תת-סדרה: Flexiviridales
• משפחה: Mesoviridae
• משפחה: Peptoviridae
• תת-סדרה: Rigidovirales
• משפחה: Pachyviridae
• משפחה: Protoviridae
• משפחה: Polichoviridae

ביקורת על מערכת LHT

היו שמתחו ביקורת על המדעיות של שיטת LHT וטענו שהיא באה רק לפתור את הבעיה המעשית של נומנקלטורה וזיהוי, שיש בה מן השרירותיות, ושהיא אינה מביאה בחשבון קשרים אמיתיים בין חברי הטקסון.

• טקסונומיה (ביולוגיה)
• שם מדעי

• Virus בויקימינים

  מדיה וקבצים בנושא נגיפים בוויקישיתוף

• van Regenmortel MH, Mayo MA, Fauquet CM, Maniloff J: Virus nomenclature: consensus versus chaos. Arch Virol 2000, 145: 2227-2232. 10.1007/s007050070053 (בתשלום)
• שיטת Casjens ו- Kings לסיווג נגיפים
• (Siddell et al., Binomial nomenclature for virus species: a consultation, Archives of Virology, volume 165, pages 519–525 (2020