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Jean-Daniel Dubois, né en 1946 à Moyeuvre-Grande, est un historien des religions et universitaire français. Spécialiste des courants gnostiques des premiers siècles chrétiens et des écrits apocryphes chrétiens, il est directeur d'études à l'École pratique des hautes études et titulaire de la chaire « Gnose et manichéisme » de 1991 à 2014.
Jean-Daniel Dubois est le deuxième fils de Roland Dubois, pasteur luthérien et Marthe Dubois née Roth, professeure de français, tous deux proclamés Justes en 2005. Il obtient une maîtrise à la faculté de théologie protestante de Strasbourg en 1969, puis un doctorat en sciences religieuses en 1977, intitulée De Jean-Baptiste à Jésus. Essai sur la pneumatologie lucanienne sous la direction d'Étienne Trocmé. Il réalise une seconde thèse à l'université d'Oxford intitulée Études sur l'Apocryphe de Zacharie et sur les traditions relatives à la mort de Zacharie, en 1978. Il est bibliste, responsable national des Équipes de recherche bibliques de la Fédération protestante de France de 1974 à 1980. En 1980, il est nommé maître de conférences en histoire du christianisme ancien à la faculté de théologie protestante de Paris, puis devient professeur en 1983. En 1991, il est élu directeur d'études et titulaire de la chaire « Gnose et manichéisme » à l'École pratique des hautes études (section des sciences religieuses), où il succède à Michel Tardieu.
Jean-Daniel Dubois est spécialiste de l'étude des courants gnostiques des premiers siècles chrétiens et de la religion manichéenne. Il a également étudié les écrits apocryphes chrétiens et est cofondateur avec Pierre Geoltrain et François Bovon de l'Association pour l'étude de la littérature apocryphe chrétienne (AELAC). Il participe à la création de la revue Apocrypha, qu'il dirige de 2000 à 2015.
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