Etidiumbromidi (C21H20N3Br) on fenantridiinirakenteisiin väriaineisiin kuuluva orgaaninen yhdiste.
Yhdistettä käytetään biokemiallisissa tutkimuksissa geelielektroforeesin yhteydessä nukleiinihappoja värjäävänä reagenssina.
Etidiumbromidi | |
---|---|
Tunnisteet | |
IUPAC-nimi | 3,8-diamino-5-etyyli-6-fenyylifenantridin-5-iumbromidi |
CAS-numero | |
PubChem CID | |
SMILES | CC[N+]1=C2C=C(C=CC2=C3C=CC(=CC3=C1C4=CC=CC=C4)N)N.[Br-] |
Ominaisuudet | |
Molekyylikaava | C21H20N3Br |
Moolimassa | 394,3 g/mol |
Sulamispiste | 238–240 °C |
Tiheys | 0,34 g/cm3 |
Liukoisuus veteen | 50 g/l (20 °C) |
Huoneenlämpötilassa etidiumbromidi on kiteistä väriltään punertavan violettia ainetta. Yhdiste liukenee hyvin veteen ja myös useisiin orgaanisiin liuottimiin kuten etanoliin, kloroformiin ja dimetyylisulfoksidiin. Etidiumbromidilla on absorptiomaksimit UV-säteilyn alueella aallonpituuksilla 210 ja 285 nm. Kun ainetta säteilytetään UV-valolla se fluoresoi oranssia valoa aallonpituuksilla 605 ja 620 nm.
Kooltaan etidiumbromidimolekyyli vastaa DNA:n ja RNA:n emäsparien kokoa ja kykenee interkalatoitumaan emäsparien välille. Tällöin nukleiinihapoille tyypillinen kaksoiskierrerakenne vääristyy. Interkalatoituneen DNA:n tai RNA:n tiheys pienenee ja kierrerakenne voi myös avautua. Lineaarinen nukleiinihappo sitoutuu vielä voimakkaammin etidiumbromidiin kuin kaksoiskierteellä oleva nukleiinihappo. Yhdessä cesiumkloridiliuoksen kanssa etidiumbromidia voidaan käyttää avautuneen DNA:n ja kaksoiskierteellä olevan DNA:n erottamiseen sentrifugoinnilla.
Etidiumbromidi on mutageeninen molekyyli ja interkalatoituminen voi aiheuttaa häviämiä eli deleetioita DNA:n ja RNA:n rakenteeseen. Yhdiste on myös myrkyllinen ja saattaa olla myös karsinogeeninen eli syöpää aiheuttava. Hengitettynä ja silmiin joutuessaan etidiumbromidi aiheuttaa ärsytystä.
Etidiumbromidin synteesin lähtöaineena on 3,8-dinitro-6-fenyylifenantridiini, joka reagoi dietyylisulfaatin kanssa muodostaen fenantridiniumsuolan. Seuraavassa vaiheessa tämän fenantridiniumsuolan nitroryhmät pelkistetään happamissa olosuhteissa raudan avulla aminoryhmiksi. Muodostuvasta suolasta saadaan etidiumbromidia vetybromidin avulla. Tämän prosessin huonoja puolia ovat suhteellisen alhaiset saannot ja nitrobentseeniin käyttäminen liuottimena.
Etidiumbromidia käytetään väriaineena mikrobiologisissa tutkimuksissa geelielektroforeesin yhteydessä nukleiinihappojen visualisoimiseen värjäämällä. Sovelluskohteita ovat muun muassa syöpätutkimus, neurodegeneratiivisten sairauksien tutkimus ja eräiden bakteerien ja viruksien kuten influenssaviruksien tunnistaminen. Geelielektroforeesin geeli voidaan värjätä reagenssilla joko ennen elektroforeesin suorittamista tai sen jälkeen.
This article uses material from the Wikipedia Suomi article Etidiumbromidi, which is released under the Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 license ("CC BY-SA 3.0"); additional terms may apply (view authors). Sisältö on käytettävissä lisenssillä CC BY-SA 4.0, ellei toisin mainita. Images, videos and audio are available under their respective licenses.
®Wikipedia is a registered trademark of the Wiki Foundation, Inc. Wiki Suomi (DUHOCTRUNGQUOC.VN) is an independent company and has no affiliation with Wiki Foundation.