Fastq-Format
Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes Format zum Speichern einer biologischen Sequenz (meist Nukleotidsequenz) und ihrer entsprechenden Qualitätskennzahlen.
Sowohl der Sequenzbuchstabe als auch die Qualitätskennzahl sind mit einem einzigen ASCII-Zeichen codiert.
| FASTQ format | |
|---|---|
| Dateiendung: | .fastq |
| Entwickelt von: | Wellcome Trust Sanger Institute |
| Erstveröffentlichung: | ~2000 |
| Art: | Bioinformatik |
| Erweitert von: | ASCII and FASTA format |
| https://maq.sourceforge.net/fastq.shtml | |
Es wurde ursprünglich am Wellcome Trust Sanger Institute entwickelt, um eine Sequenz im FASTA-Format mit ihren Qualitätsdaten zu verbinden und gemeinsam abzuspeichern. Das Format ist aber mittlerweile zum Standard für die Speicherung von high-throughput Sequenzdaten geworden.
Format
Eine FASTQ-Datei hat vier Zeilen pro Sequenz:
- Zeile 1 beginnt mit einem „@“-Zeichen, gefolgt von einer Sequenzkennung und einer optionalen Beschreibung (wie eine FASTA-Titelzeile).
- Zeile 2 beinhaltet die Sequenzbuchstaben.
- Zeile 3 beginnt mit einem „+“-Zeichen und kann optional dieselbe Sequenzkennung (und eine beliebige Beschreibung) aufweisen.
- Zeile 4 codiert die Qualitätskennzahlen für die Sequenz in Zeile 2 und muss die gleiche Anzahl an Symbolen enthalten wie Buchstaben in der Sequenz sind.
Eine FASTQ-Datei mit einer einzigen Sequenz kann folgendermaßen aussehen:
@SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
Einzelnachweise
Weblinks
- MAQ webpage discussing FASTQ variants
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