种群瓶颈效应或人口瓶颈(population bottleneck;genetic bottleneck)是指某个种群的数量由于突然的災難所造成的死亡或不能生育造成减少50%以上或者数量级减少的事件。种群瓶颈可能促成遗传漂变加劇。种群瓶颈發生後,可能造成种群的灭绝,或种群恢复但僅存有限的遺傳多樣性。
一個例子是獵豹(Acinonyx jubatus),由於獵豹彼此之間的關係過於相近,獵豹之間的直接皮膚移植已經不會引發任何免疫反應。獵豹也遭受低精子濃度、低精子活動力及畸形精子鞭毛等問題。科學家推測,獵豹約在一萬年前的上一個冰河期中經歷了种群瓶颈,加上長年近亲交配,因而造成其基因庫寡少情形,使得族群對於疾病沒有應變能力;如致命的貓傳染性腹膜炎(Feline infectious peritonitis),在家貓中的致病率約1%-5%,但在獵豹中的發病率高達50%-60%。
根據2002年的一份研究報告,4万3000年前大熊猫遭遇了种群瓶颈效应,造成现在濒于绝迹的状况。
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