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2020年1月初,由於肺炎病例原因不明,並正進行病原鑑定及病因溯源等初步調查,因而武汉市卫生健康委员会稱之為「不明原因肺炎」。
在中国大陆,1月13日,中華人民共和國國家衛生健康委員會將此種病毒引發的病症稱為新型冠状病毒感染的肺炎。2月7日,中国国家卫生健康委员会发出的通知以及次日下午中國国务院联防联控机制召开发布会上,宣布新型冠状病毒感染的肺炎暂命名为新型冠状病毒肺炎(Novel Coronavirus Pneumonia),简称新冠肺炎(NCP)。2月21日,中国国家卫生健康委发出通知,将英文名称修订为“COVID-19”,与世界卫生组织保持一致,中文名称保持不变。2022年12月26日国家卫生健康委发布公告,将新型冠状病毒肺炎更名为新型冠状病毒感染。自2023年1月8日起,解除对新型冠状病毒感染采取的《中华人民共和国传染病防治法》规定的甲类传染病预防、控制措施;新型冠状病毒感染不再纳入《中华人民共和国国境卫生检疫法》规定的检疫传染病管理。
在其它地区,1月8日,香港特區政府衛生署將其命名為嚴重新型傳染性病原體呼吸系統病(Severe Respiratory Disease associated with a Novel Infectious Agent) 。卫生署在新闻公报中则称为新型冠狀病毒感染,后改称2019冠狀病毒病。澳門特區政府将其命名为新型冠狀病毒感染。
1月15日,中華民國衛生福利部疾病管制署將其稱為嚴重特殊傳染性肺炎(Severe Pneumonia with Novel Pathogens),并定义俗稱为「武漢肺炎」,並無定義官方簡稱,學者或媒體也使用「新冠肺炎」一詞代表該疾病。2月11日,中華民國衛生福利部中央流行疫情指揮中心監測應變官、疾病管制署副署長莊人祥表示,「2019-nCoV」是疫情暴发之初,WHO給病毒的暫時稱呼。現在病毒國際命名委員會將「病毒」正式命名為「SARS-CoV-2」才是病毒的現在正式的名字,该病毒导致的「疾病」的國際正式名稱則為「COVID-19」。
1月28日,日本内閣官房及厚生勞動省將其命名為新型冠状病毒感染症(新型コロナウイルス感染症),為法律上正式名稱。
在世界衛生組織,1月13日組織建議將病毒暫稱為「2019新型冠狀病毒」(2019-nCoV)。1月30日将病毒所引发的疾病暫時命名为2019-nCoV急性呼吸疾病(2019-nCoV acute respiratory disease)。而在2月11日则正式命名为2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019,簡稱COVID-19)。
(注:本章中,X代表确诊感染2019冠状病毒病;黑色方框代表在本事件期间因2019冠状病毒病逝世;粉色方框代表在本事件期间因其他原因逝世;删除线代表在本事件期间该公职人员被免职/撤职/停职。)
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