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En biologie, l'empire (en latin imperium) est une catégorie taxonomique supérieure à celle du règne. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus récent de domaine. Toutefois, ces notions ne se recouvrent pas totalement. En particulier, le terme d'empire est préféré dans le contexte de la systématique évolutionniste ou bien dans le cadre du « modèle à deux empires ».
Historiquement, c'est le terme empire qui a été proposé en premier, par analogie avec la domination d'un empire sur des royaumes vassaux (les « règnes » de la classification). Linné arrangeait tous les objets naturels à l'intérieur de trois règnes (minéral, végétal et animal) dont, à partir de la dixième édition (1758) du Systema Naturae, il définissait les frontières au sein de l'empire de la nature : Imperium Naturae. Dès 1766, Pallas divisait la nature en deux empires. Ce sont deux groupes (les corps bruts et les êtres organisés) que Pallas a placés au-dessus des règnes sous la dénomination d'empires : l'empire inorganique constitué par le règne minéral, et l'empire organique comprenant les deux règnes animal et végétal. Aujourd'hui on parle plutôt de monde inerte et de monde vivant.
Au XXe siècle, le terme d'empire a été employé pour désigner la structure radicalement différente des procaryotes et des eucaryotes (voir aussi plan d'organisation).
Selon Thomas Cavalier-Smith (1998) :
Voir également Mayr (1998)
Pour la plupart des taxonomistes, le domaine est équivalent au superrègne. On trouve cependant parfois des classifications où le choix a été fait d'intercaler les rangs de sous-domaine et de superrègne entre le domaine et le règne. Des variantes de classification sont élaborées par glissement de rang des taxons supérieurs.
En 1990, le systématicien évolutionniste Mayr retient un système naturel d'organismes à deux domaines divisés en quatre sous-domaines :
En 1998, Gupta propose une classification à la suite de ses travaux sur les liens phylogénétiques et structuraux unissant les bactéries à Gram positif et les archébactéries.
En 1978, Whittaker et Margulis s'accordent sur une classification des organismes suivant deux super règnes et cinq règnes :
En 1982, le botaniste Jeffrey propose une classification à deux superrègnes développés différemment en cinq règnes :
En 1987, Cavalier-Smith présente une classification rangée en deux superrègnes et sept règnes :
Les biologistes Margulis et Chapman (2009) proposent une classification taxonomique du vivant où le domaine est une division du règne et dont l'articulation entre taxons se résume ainsi :
Les biologistes Ruggiero et al. (2015), incluant Cavalier-Smith, développent une classification des organismes vivants subdivisée en deux superrègnes et sept règnes, selon le schéma simplifié suivant :
Pour les cladistes le modèle à deux empires n'est pas pertinent car il admet des taxons paraphylétiques comme les procaryotes[réf. nécessaire]. Cette critique n'est cependant pas acceptée par les évolutionnistes puisque selon eux, les groupes paraphylétiques peuvent servir à créer une classification.
Les rangs taxonomiques utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :
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