Le décret du 10 juin 1793 de la Convention nationale transforme le Jardin du roi en Muséum national d'histoire naturelle.
Depuis les débuts du XVIIIe siècle le Jardin du roi était déjà pleinement une institution de recherche et d'enseignement d'histoire naturelle. Il était dirigé par un « intendant » mandaté par le roi et était divisé en un certain nombre de chaires chacune d'elles tenue par un enseignant-chercheur qui recevait le nom de « démonstrateur ». Le décret de 1793 qui fonde l'actuel Muséum augmente les chaires au nombre de douze et place un « professeur » à la tête de chacune d'elles. C'est l'assemblée des professeurs, par élection collégiale, qui nomme directeur du Muséum l'un des professeurs de l'institution, en remplaçant ainsi le poste d'intendant de l'ancien Jardin royal.
Le , un décret de l'Assemblée nationale demande aux démonstrateurs du Jardin du roi de rédiger un projet pour sa réorganisation. La première assemblée vote le départ de l'intendant du Jardin, le marquis de La Billarderie, et élit à l'unanimité Daubenton comme président. Il forme une commission comprenant Antoine-François Fourcroy, Bernard Lacépède et Antoine Portal. Celle-ci est chargée de rédiger le règlement de la nouvelle institution et d'en fixer le fonctionnement. Elle détermine aussi les missions du Muséum : instruire le public mais aussi de constituer des collections et de participer activement à la recherche scientifique. Le corps des professeurs et leur directeur, élu et renouvelé chaque année devant être le garant de l'indépendance de la recherche.
Mais le projet n'aboutit pas, l'Assemblée nationale ne donnant pas suite. En 1791, La Billarderie démissionne et est remplacé par Jacques-Henri Bernardin de Saint-Pierre. Ce n'est qu'en 1793 que Joseph Lakanal (1762-1845), apportant les collections du Prince de Condé rencontre Daubenton et découvre le projet de 1790. Lakanal le porte à l'Assemblée et, dès le lendemain , obtient le vote du décret établissant le Muséum, lui donnant ainsi une existence juridique propre.
Le poste d'intendant est alors remplacé par la fonction de directeur. L'ancienne hiérarchie, notamment en démonstrateurs et sous-démonstrateurs, est abolie. Douze postes de professeurs assurent, de façon égale et collégiale, l’administration du Muséum national d'histoire naturelle. Les enseignements sont répartis en douze chaires professorales : minéralogie (Louis Jean-Marie Daubenton) ; chimie générale (Antoine-François Fourcroy) ; arts chimiques (Antoine Louis Brongniart) ; deux chaires de botanique, dans le Muséum (René Desfontaines) et dans la campagne (Antoine-Laurent de Jussieu) ; agriculture et culture des jardins, des arbres fruitiers et des bois (André Thouin) ; histoire naturelle des quadrupèdes, cétacés, oiseaux, reptile et poissons (Étienne Geoffroy Saint-Hilaire) ; histoire naturelle des insectes, vers et animaux microscopiques (Jean-Baptiste Lamarck) ; anatomie humaine (Antoine Portal) ; anatomie des animaux (Jean-Claude Mertrud) ; géologie (Faujas de Saint-Fond) ; iconographie naturelle, ou arts de dessiner et peindre toutes les productions de la nature (Gérard van Spaendonck).
Au fil des années, le nombre de chaires et leur sujet de recherche et d'enseignement vont évoluer : certaines chaires sont subdivisées, d'autres regroupées, d'autres encore supprimées ou transformées en services du Muséum. Jusque dans les années 1985, l'unique instance exécutive du Muséum était l'Assemblée des professeurs titulaires des chaires, rendant compte au Ministère de l'Éducation nationale, puis également au Ministère de la Recherche et plus tard aussi à celui de l'Environnement. En mai 1968, une assemblée générale des personnels, chercheurs, techniciens et administratifs confondus, contesta l'exclusivité de l'Assemblée des professeurs comme organe décisionnel et proposa la création d'un « conseil représentatif » comptant également une assemblée des chercheurs et une troisième des techniciens et administratifs. Ce projet fut abandonné en septembre 1968 mais au fil des années et des réformes, la tutelle des ministères s'est accrue, et l'autorité de l'Assemblée des professeurs s'est réduite, au point d'en faire principalement un organe consultatif scientifique.
Le décret du met fin à l'existence des chaires du Muséum et distribue les collections et les personnes dans sept « départements de recherche » (« Écologie et gestion de la biodiversité », « Histoire de la Terre », « Hommes, natures et sociétés », « Milieux et peuplements aquatiques », « Préhistoire humaine », « Régulations, développement et diversité moléculaire » et « Systématique et évolution ») qui, en 2017, sont regroupés au sein des trois départements toujours en vigueur en 2022 :
Le Muséum reste un « grand établissement » dont les missions restent principalement la conservation de collections scientifiques, la diffusion de la culture scientifique dans les spécialités propres à l'établissement, la recherche et la formation à la recherche. Il est également un campus universitaire,. Aux XXe et XXIe siècles, l'établissement dispose d'un personnel d'environ 2200 personnes dont 200 enseignants supérieurs et formateurs, 600 chercheurs et 1400 médiateurs, techniciens de laboratoire et autres, administratifs, horticulteurs, soigneurs zootechniques, gardiens et personnels d'entretien,.
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