قالب فستا
در بیوانفورماتیک، قالب فست ا(FASTA) فرمت مبتنی بر متن برای نمایش دو توالی نوکلئوتیدی یا توالی پپتیدی است که در آن نوکلئوتید یا اسید آمینه با استفاده از کدهای تک حرفی نمایش داده می‌شوند.
برای تأییدپذیری کامل این مقاله به منابع بیشتری نیاز است. (ژوئن ۲۰۱۲) |
مبدا این قالب بستهٔ نرم‌افزاری فستا است، اما هم‌اینک تبدیل به یک استاندارد در زمینه بیو انفورماتیک شده‌است. سادگی این قالب استفاده، دستکاری و تجزیه آن را به وسیله نرم‌افزارهای پردازش متن و زبان‌های اسکریپتی مانند پایتون، روبی و پرل آسان نموده‌است.
قالب
یک رشته در قالب فستا با یک توضیح یک خطی که به وسیله خط‌هایی از رشتهٔ داده دنبال می‌شود، آغاز می‌شود. خط توضیحات به وسیله نویسهٔ علامت بزرگتر('<') در اول آن مشخص می‌شود. اولین کلمه‌ای که در ادامهٔ آن می‌آید شناسهٔ رشته و بقیه کلمات توضیحات مربوط به آن می‌باشند. توصیه شده‌است که طول این قسمت بیش از 80 حرف نباشد. رشته زمانی تمام می‌شود که خطی با علامت بزرگتر شروع شود یا به انتهای فایل برسیم. در زیر نمونه‌ای از استفاده از این قالب برای نمایش یک رشته آورده شده‌است.
>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [[[Asian Elephant|Elephas maximus maximus]]] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX IENY
پیوست
- قالب فستا چیست؟ توضیح قالب فستا.
This article uses material from the Wikipedia فارسی article قالب فستا, which is released under the Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 license ("CC BY-SA 3.0"); additional terms may apply (view authors). محتوا تحت CC BY-SA 4.0 در دسترس است مگر خلافش ذکر شده باشد. Images, videos and audio are available under their respective licenses.
®Wikipedia is a registered trademark of the Wiki Foundation, Inc. Wiki فارسی (DUHOCTRUNGQUOC.VN) is an independent company and has no affiliation with Wiki Foundation.