Αμινοτελικό Άκρο

Το άλλο άκρο του πολυπεπτιδίου, στο οποίο υπάρχει μια ελεύθερη καρβοξυλομάδα, ονομάζεται καρβοξυτελικό άκρο. Κατά σύμβαση, όταν γράφουμε την αμινοξική αλληλουχία ενός πεπτιδίου, ή μιας πρωτεΐνης, ξεκινάμε πάντα με το αμινοτελικό άκρο (στα αριστερά) και τελειώνουμε με το καρβοξυτελικό (στα δεξιά). Για παράδειγμα, το τετραπτεπτίδο βαλυλ-γλυκυλ-σερυλ-αλανίνη, θα γραφτεί Val-Gly-Ser-Ala (ή συνηθέστερα VGSA) που σημαίνει ότι η βαλίνη βρίσκεται στο Ν-άκρο, ενώ η αλανίνη στο καρβοξυτελικό άκρο. Έτσι, το τετραπεπτίδιο VGSA είναι τελείως διαφορετικό από το ASGV.

Kατά την πρωτεϊνοσύνθεση, οι πολυπεπτιδικές αλυσίδες επιμηκύνονται πάντα με κατεύθυνση από το αμινοτελικό προς το καρβοξυτελικό άκρο. Επομένως, το αμινοτελικό άκρο είναι αυτό που συντίθενται πρώτο. Στους ευκαρυώτες, το ειδικό tRNA έναρξης φέρει, στις πλείστες των περιπτώσεων, το αμινοξύ μεθειονίνη. Πλέον, όμως, έχει διαπιστωθεί ότι στη περίπτωση παραγωγής κρυπτικών πεπτιδιών, η οποία γίνεται από τα κύτταρα για σκοπούς αντιγονοπαρουσίασης στα Τ κυτταροτοξικά λεμφοκύτταρα, μπορεί το αρχικό αμινοξύ να είναι η λευκίνη. Πάντως, στη συμβατική σύνθεση των πρωτεϊνών, κατά την οποία η μεθειονίνη είναι το πρώτο αμινοξύ της νεοσυντιθέμενης αλυσίδας, η τελική πρωτεΐνη δεν φέρει απαραίτητα μεθειονίνη στο Ν-άκρο. Αυτό συμβαίνει γιατί μετά τη σύνθεση τους, οι πρωτεΐνες υπόκεινται σε μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις, κατά τις οποίες μπορεί να αποκοπεί το αρχικό Ν-άκρο.

Στα αρχαία, όπως και στους ευκαρυώτες, το ειδικό tRNA έναρξης φέρει το αμινοξύ μεθειονίνη, ενώ στα βακτήρια φέρει το τροποποιημένο αμινοξύ φορμυλομεθειονίνη (fMet). Επομένως, στις βακτηριακές πρωτεΐνες, των οποίων το Ν-άκρο δεν έχει υποστεί πρωτεόλυση, η ελεύθερη α-αμινομάδα είναι φορμυλιωμένη.

Συγγράμματα

• Styer, Lubert (1997). ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ (3η έκδοση). Ηράκλειο: Πανεπιστημιακές Εκδόσεις Κρήτης. ISBN 960-7309-62-6. 
• Alberts, Bruce (2002). Molecular Biology of the Cell (4η έκδοση). Garland Science. ISBN 0-8153-4072-9.  Unknown parameter |coauthors= ignored (|author= suggested) (βοήθεια)