16S Ррнк

Мають середню величину серед цих рРНК. Константа седиментації дорівнює 16S (одиниць Сведберга); для інших рРНК константи рівні 5 і 23 S. До складу 16S рРНК входить 1600 нуклеотидів. У еукаріотів існують аналогічні їй 18S рРНК, що складаються з 2500 нуклеотидів^{[джерело?]}.

Рибосоми та РНК присутні у всіх без винятку клітинах, а також деяких органелах еукаріотів (мітохондрії, хлоропласти), тобто ці структури характеризуються найдавнішим походженням. Їх функції завжди однакові, а первинна структура має високий ступінь консервативності. Також рРНК перебувають поза дією природного відбору, тому молекули еволюціонують тільки в результаті спонтанних мутацій і кількість цих мутацій може служити критерієм еволюційної відстані між організмами.

З трьох типів рРНК 16S і 18S найзручніше аналізувати, дотепер вивчена послідовність нуклеотидів в 16S і 18S рРНК для багатьох сотень видів з різних царств живої природи. На підставі отриманих даних виділено три групи еволюційно схожих організмів, що отримали вищий ранг доменів. Це:

• Еукаріоти (але не їх органелли),
• Бактерії (а також мітохондрії і хлоропласти еукаріотів),
• Археї.^{[джерело?]}

Дослідження спорідненості серед бактерій показали наявність 10 еволюційних гілок, причому в 5 з них виявлені фотосинтезуючі організми^{[джерело?]}. Тобто останні набагато більш споріднені іншим нефотосинтезуючим бактеріям, чим один одному. Ці відкриття примушують по-новому дивитися на еволюцію одноклітинних організмів і виникнення фотосинтезу.