Sars-Cov-2: Galur virus dalam famili Coronaviridae

Virus ini pertama kali diidentifikasi di Kota Wuhan, Tiongkok dan menyebabkan wabah COVID-19. Virus ini juga dikenal sebagai koronavirus Wuhan dan virus pneumonia pasar makanan laut Wuhan (Wuhan seafood market pneumonia virus).

SARS-CoV-2
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
Gambaran mikroskop transmisi elektron yang menunjukkan virion SARS-CoV-2
Ilustrasi koronavirus yang dibuat oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC).
Rekaman
Komposisi genom virus ICTV	positive-sense single-stranded RNA virus (en)
Penemu atau pencipta	Zhang Jixian
Penyakit	Pandemi koronavirus 2019–2020 dan Covid-19
Jumlah genom	29.903
Taksonomi
Superdomain	Biota
Domain	Virus
Dunia	Riboviria
Kerajaan	Orthornavirae
Filum	Pisuviricota
Kelas	Pisoniviricetes
Ordo	Nidovirales
Famili	Coronaviridae
Subfamili	Orthocoronavirinae
Genus	Betacoronavirus
Upagenus	Sarbecovirus
Spesies	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
Tata nama
Dinamakan berdasarkan	SARS-CoV
Sinonim takson	Koronavirus Wuhan Virus pneumonia pasar makanan laut Wuhan
Wuhan, Tiongkok, lokasi terjadinya wabah virus
l b s

Wikisumber memiliki naskah asli yang berkaitan dengan artikel ini:

Informasi Virus Korona Baru 2019 (CDC)

Genom virus ini telah diurutkan. Perbandingan urutan genetik antara virus ini dan sampel virus lain menunjukkan tingkat kesamaan dengan SARS-CoV sebesar 79,5% dan dengan koronavirus kelelawar sebesar 96%. Beberapa teori menyimpulkan bahwa virus ini berasal dari kelelawar.

Selama wabah yang sedang berlangsung, virus ini sering disebut secara umum sebagai "koronavirus", "koronavirus baru" dan "koronavirus Wuhan", sedangkan WHO merekomendasikan penamaan sementara "2019-nCoV" di tengah kekhawatiran bahwa tidak adanya nama resmi dapat menyebabkan penggunaan nama-nama informal yang merugikan, per pedoman WHO tahun 2015,

Kelompok Studi Koronavirus dari Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) memberi nama virus ini koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2) yang merupakan galur dalam spesies SARS-CoV. Penyakit yang disebabkan oleh virus ini diberi nama "penyakit koronavirus 2019" (Covid-19) oleh WHO.

Epidemiologi

Penyakit akibat infeksi SARS-CoV-2 pada manusia pertama kali terjadi pada akhir Desember 2019. Pendekatan jam molekuler menyatakan waktu infeksi yang serupa atau sedikit lebih awal. Wabah penyakit pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok pada pertengahan Desember 2019. Virus ini kemudian menyebar ke Thailand (Bangkok); Jepang (Tokyo); Korea Selatan (Seoul); provinsi lain di Tiongkok Daratan; Hong Kong; Taiwan (Taoyuan); dan kemudian ke dunia internasional. Korban jiwa berjumlah 1.669 orang yang sebagian besar berada di Wuhan dan sekitarnya, dengan 69.268 kasus per 15 Februari 2020.

Pada 30 Januari 2020, wabah akibat SARS-CoV-2 ditetapkan sebagai darurat kesehatan global oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). WHO menciptakan istilah sementara "penyakit pernapasan akut 2019-nCoV" untuk menggambarkan penyakit yang disebabkan oleh virus tersebut.

Penularan

Penularan dari manusia ke manusia dikonfirmasi di Provinsi Guangdong, Tiongkok. Beberapa laporan menyatakan bahwa virus telah bersifat infeksius bahkan ketika dalam masa inkubasi.

Para ilmuwan telah meneliti angka reproduksi dasar (R₀) yang dimiliki virus ini. Dalam epidemiologi, angka ini menunjukkan jumlah infeksi baru yang diakibatkan oleh setiap orang yang terinfeksi. Salah satu penelitian menyatakan bahwa setiap orang yang terinfeksi menyebarkan virus ke antara 3 hingga 5 orang. Penelitian lain memperkirakan R₀ sebesar 1,4 hingga 3,8. Selain itu, virus ini diketahui mampu menular dalam rantai infeksi sebanyak empat orang.

Pengobatan

Saat ini belum ada pengobatan khusus untuk SARS-CoV-2 sehingga perawatan difokuskan pada pengurangan gejala. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Tiongkok (CDC Tiongkok) sedang menguji prosedur perawatan pneumonia yang telah ada untuk diterapkan pada pneumonia akibat koronavirus.

Penggunaan obat antivirus yang ada sedang diteliti, termasuk protease inhibitor seperti indinavir, saquinavir, remdesivir, lopinavir/ritonavir dan interferon beta. Efektivitas antibodi monoklonal yang telah diidentifikasi juga sedang diselidiki.

Pada 2 Februari 2020, Thailand melaporkan pengobatan yang berhasil untuk satu pasien. Dr. Kriengsak Attipornwanich dari Rumah Sakit Rajavithi di Bangkok mengatakan saat konferensi pers Kementerian Kesehatan Thailand, seorang perempuan Tiongkok berusia 71 tahun dari Wuhan dinyatakan negatif koronavirus 48 jam setelah dokter memberikan obat anti-HIV lopinavir dan ritonavi dalam kombinasi dengan obat influenza oseltamivir.

 

Reservoir

Pada 22 Januari 2020, Journal of Medical Virology menerbitkan laporan analisis genom yang menjelaskan bahwa ular di wilayah Wuhan adalah "reservoir hewan liar yang paling mungkin" untuk virus ini, tetapi diperlukan lebih banyak penelitian. Rekombinasi homolog mungkin menyebabkan peristiwa ini. Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyakit ini berasal dari Bungarus multicinctus, ular yang sangat berbisa yang dijual di pasar Wuhan. Berita di Nature mengkritik artikel Journal of Medical Virology dengan menyatakan bahwa ular sangat tidak mungkin menjadi reservoir, dan lebih cenderung pada mamalia. Banyak virolog juga sangat meragukan peranan ular sebagai inang perantara.

Selama 17 tahun penelitian tentang asal-usul epidemi SARS 2003, banyak koronavirus kelelawar yang menyerupai SARS (SARS-like) diisolasi dan diurutkan, kebanyakan dari mereka berasal dari genus Rhinolophus. Dengan genom yang cukup, rekonstruksi pohon filogenetik untuk mengetahui sejarah mutasi koronavirus dapat dilakukan.

Koronavirus baru ini (SARS-CoV-2) berada dalam kategori koronavirus yang menyerupai SARS. Dua urutan genom dari Rhinolophus sinicus dengan kemiripan 80% telah dipublikasikan pada tahun 2015 dan 2017. Sementara itu, artikel pracetak di jurnal bioRxiv yang ditulis oleh peneliti dari Institut Virologi Wuhan, Rumah Sakit Jinyintan Wuhan, Universitas Akademi Sains Tiongkok, dan CDC Provinsi Hubei menyatakan bahwa koronavirus ini kemungkinan berasal dari kelelawar, karena analisis mereka menunjukkan bahwa nCoV-2019 memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar yang diisolasi dari kelelawar Rhinolophus affinis. Sebagai perbandingan, jumlah mutasi ini mirip dengan jumlah mutasi yang diamati selama 10 tahun pada flu manusia H3N2.

Hewan yang dijual sebagai makanan dicurigai sebagai reservoir atau perantara virus karena banyak dari individu yang terinfeksi pertama kali adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan. Akibatnya, mereka terpapar kontak yang lebih besar dengan hewan.

Filogenetik dan taksonomi

Informasi genomik

Susunan genom (klik untuk memperbesar)
ID genom NCBI	MN908947
Jumlah genom	29.903 pasangan basa
Tahun penyelesaian	2020

Virus SARS-CoV-2 tergolong dalam genus Betacoronavirus (Beta-CoV) dalam keluarga Coronaviridae. Penyakit yang disebabkan Coronaviridae dapat berkisar dari pilek biasa hingga penyakit yang lebih parah seperti sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) dan sindrom pernapasan akut berat (SARS). Koronavirus adalah keluarga virus yang luas. Namun, hanya enam virus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, dan SARS-CoV) yang sebelumnya diketahui menginfeksi manusia; SARS-CoV-2 merupakan jenis ketujuh yang menginfeksi manusia.

Urutan genom betacoronavirus Wuhan menunjukkan kesamaan dengan betacoronavirus yang ditemukan pada kelelawar. Namun, virus ini secara genetik berbeda dari coronavirus lain seperti coronavirus terkait SARS dan MERS. Genus betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan (subgenus), SARS-CoV-2 bersama dengan SARS-CoV digolongkan dalam garis keturunan B (subgenus Sarbecovirus).

Sejumlah genom koronavirus baru ini telah diisolasi dan dilaporkan termasuk BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari CDC Tiongkok, Institut Biologi Patogen, dan Rumah Sakit Jinyintan Wuhan. Panjang urutan RNA yang dimilikinya sekitar 30 kbp. Model struktural komparatif dari protease koronavirus SARS-CoV-2 disediakan oleh Innophore GmbH, dengan beberapa percobaan obat melawan inhibitor protease virus telah dilakukan. Analisis filogenetik untuk sampel disediakan oleh Nextstrain.

Struktur biologi

 

Publikasi genom memberi jalan pada beberapa pemodelan protein untuk protein pengikat reseptor (RBD), yaitu protein spike (S). Protein S diketahui mempertahankan afinitas yang cukup terhadap reseptor enzim pengubah angiotensin 2 (ACE2) dan menggunakannya untuk masuk ke dalam sel. Pada 22 Januari, dua kelompok yang berbeda (satu di Tiongkok yang bekerja dengan virus lengkap dan satu di AS yang bekerja dengan genetik balik) secara independen menunjukkan peranan ACE2 sebagai reseptor untuk SARS-CoV-2.

Untuk mencari protease inhibitor yang potensial, enzim endopeptidase C30 dari poliprotein rangka baca terbuka 1a (Orf1a) juga dimodelkan untuk percobaan docking obat. Innophore telah menghasilkan dua model komputasi berdasarkan protease SARS, dan Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok telah menghasilkan struktur eksperimental rekombinan protease SARS-CoV-2 yang belum dipublikasikan

Pada bulan Januari 2020, beberapa organisasi dan lembaga mulai bekerja untuk membuat vaksin untuk koronavirus Wuhan berdasarkan genom yang dipublikasikan. Di Tiongkok, CDC Tiongkok sedang mengembangkan vaksin untuk virus SARS-CoV-2.

Tiga proyek vaksin sedang didukung oleh Koalisi Inovasi Kesiapsiagaan Epidemi (CEPI), termasuk satu proyek perusahaan bioteknologi Moderna dan proyek lainnya oleh Universitas Queensland Australia. Institut Kesehatan Nasional Amerika Serikat (NIH) bekerja sama dengan Moderna untuk membuat vaksin RNA yang cocok dengan protein permukaan (protein spike) koronavirus, yang diharapkan untuk memulai produksi pada Mei 2020. Di Australia, Universitas Queensland sedang menyelidiki potensi vaksin penjepit molekuler yang secara genetik akan memodifikasi protein virus untuk membuatnya meniru koronavirus dan merangsang reaksi kekebalan.

Dalam proyek independen, Agensi Kesehatan Masyarakat Kanada telah mengizinkan Organisasi Vaksin dan Penyakit Menular-Pusat Vaksin Internasional (VIDO-InterVac) di Universitas Saskatchewan untuk mulai mengembangkan vaksin. VIDO-InterVac menargetkan produksi vaksin dan pengujian terhadap hewan pada Maret 2020, dan pengujian terhadap manusia pada 2021.

Fakultas Kedokteran Imperial College di London memiliki dana untuk mengembangkan vaksin dan membawanya ke pengujian hewan, fase penelitian yang diharapkan akan selesai pada pertengahan Februari 2020.