സിവിയർ അക്യൂട്ട് റെസ്പിറേറ്ററി സിൻഡ്രോം കൊറോണ വൈറസ് 2

2019 ലെ കൊറോണ വൈറസ് രോഗത്തിന് കാരണമായ വൈറസാണിത്. സിംഗിൾ സ്ട്രാൻഡഡ് (ഒറ്റ ഇഴ മാത്രമുള്ള) ആർ.എൻ.എ ഉൾപ്പെടുന്ന വൈറസാണിത്. ലോകാരോഗ്യസംഘടന അന്തർദേശീയ ആശങ്കയുളവാക്കുന്ന പൊതുജനാരോഗ്യ അടിയന്തരാവസ്ഥയായി ഈ വൈറസുണ്ടാക്കുന്ന കോവിഡ് 19 രോഗത്തെ പ്രഖ്യാപിച്ചിരിക്കുന്നു. ചൈനയിലെ വുഹാനിലാണ് ഈ വൈറസ് മൂലമുള്ള രോഗത്തെക്കുറിച്ച് ആദ്യമായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തത്. വവ്വാലുകളിലെ കൊറോണവൈറസുകളിൽ നിന്ന് രൂപപ്പെട്ടു എന്നുകരുതുന്ന സാർസ് കൊറോണവൈറസ്-2 ന് ഇടസംഭരണിയായി (Intermediate reservoir) ഈനാംപേച്ചി (Pangolin) വർത്തിക്കുന്നു. വൈറസിന് സൂക്ഷ്മകണികകൾ നിറഞ്ഞ വാതകരൂപങ്ങളിൽ നിരവധി മണിക്കൂറുകളും പ്ലാസ്റ്റിക്, സ്റ്റീൽ പ്രതലങ്ങളിൽ മൂന്നുദിവസം വരേയും നിലനിൽക്കാനാകും. കൊറോണാവിറിഡേ ഫാമിലിയിൽ ഉൾപ്പെടുന്ന ബീറ്റാകൊറോണാവൈറസ് ജീനസിലെ സാർബികോവൈറസ് (ലീനിയേജ് B) എന്ന സബ് ജീനസിൽ ഇതുൾപ്പെടുന്നു.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
Transmission electron micrograph of SARS-CoV-2 virions with visible coronae
Illustration of a SARS-CoV-2 virion     Red protrusions: spike proteins (S)     Grey coating: the envelope, composed mainly of lipids, which can be destroyed with alcohol or soap     Yellow deposits: envelope proteins (E)     Orange deposits: membrane proteins (M)
Virus classification
(unranked):	Virus
Realm:	Riboviria
കിങ്ഡം:	Orthornavirae
Phylum:	Pisuviricota
Class:	Pisoniviricetes
Order:	Nidovirales
Family:	Coronaviridae
Genus:	Betacoronavirus
Subgenus:	Sarbecovirus
Species:	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
Strain:	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
Synonyms
2019-nCoV

2019 ഡിസംബറിൽ ചൈനയിലെ ഹുബൈ പ്രോവിശ്യയിലെ വുഹാൻ പട്ടണത്തിൽ ന്യുമോണിയ രോഗവ്യാപനപശ്ചാത്തലത്തിലാണ് പുതിയ ഇനം കൊറോണവൈറസിന്റെ സാന്നിധ്യം ശ്രദ്ധിക്കപ്പെടുന്നത്. 2020 ജനുവരി 30 ന് ലോകാരോഗ്യസംഘടന 2019 (വൈറസിനെ തിരിച്ചറിഞ്ഞ വർഷം) , N (=new), coV (= കൊറോണാവൈറസ് ഫാമിലി) എന്നിവ ചേർത്ത് വൈറസിന് 2019-nCoV എന്ന പേരുനൽകി. 2020 ഫെബ്രുവരി 11 ന് ഇന്റർനാഷണൽ കമ്മിറ്റി ഓൺ ടാക്സോണമി ഓഫ് വൈറസസ് (ICTV) വൈറസിനെ സിവിയർ അക്യൂട്ട് റെസ്പിറേറ്ററി സിൻഡ്രോം കോറോണവൈറസ് 2 (SARS-CoV-2) എന്ന് പേരുനൽകി. തുടർന്ന് ലോകാരോഗ്യസംഘടന ഈ വൈറസ് രോഗത്തെ കോവിഡ്-19 (= Coronavirusdisease 2019) എന്ന് നാമകരണം ചെയ്തു. മനുഷ്യനെ ബാധിക്കുന്ന കൊറോണവൈറസുകളിൽ ഏഴാമത്തേതാണ് Sars-coV-2 വൈറസ്. .

ചില പഠനങ്ങൾ വൈറസ് വളരെക്കാലം മുന്നേതന്നെ തിരിച്ചറിയപ്പെടാതെ മനുഷ്യനിലുണ്ടായിരുന്നു എന്നാണ് തെളിയിക്കുന്നത്. SARS-CoV-2 ലും ഈനാംപേച്ചിയിലും കണ്ടെത്തിയ റിസപ്ടർ ബൈൻഡിംഗ് ഡൊമെയ്നിലെ (RBD- മനുഷ്യകോശങ്ങളോട് ചേരുന്ന വൈറസ് ബാഹ്യകവചഘടകം) നൈട്രജൻ ബേയ്സ് ശ്രേണികളുടെ സമാനതയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ഇത് തിരിച്ചറിഞ്ഞത്.

 

പോസിറ്റീവ് സെൻസ് (എം ആർ.എൻ.എ രൂപപ്പെടുത്താതെ തന്നെ നേരിട്ട് പ്രോട്ടീനുകൾ നിർമിക്കുന്ന), സിംഗിൾ സ്ട്രാൻഡഡ് (ഒറ്റ ഇഴ മാത്രമുള്ള) ആർ.എൻ.എ ഉൾപ്പെടുന്ന വൈറസാണിത്. സാർസ് കൊറോണവൈറസ്-2 ന് 50 മുതൽ 200 വരെ നാനോമീറ്റർ വ്യാസമുണ്ട്. മറ്റ് കോറോണവൈറസുകളെപ്പോലെ നാല് ഘടനാപരമായ മാംസ്യതൻമാത്രകൾ (പ്രോട്ടീൻ മോളിക്യൂളുകൾ) ഇവയിലുണ്ട്. അവ S (spike), E (envelope), M (membrane), and N (nucleocapsid) എന്നിവയാണ്. ഇതിൽ എൻ എന്നത് ന്യൂക്ലിയോക്യാപ്സിഡ് എന്ന ഭാഗത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ഇതിലാണ് പോസിറ്റീവ് സെൻസ് (എം ആർ.എൻ.എ രൂപപ്പെടുത്താതെ തന്നെ നേരിട്ട് പ്രോട്ടീനുകൾ നിർമിക്കുന്ന), സിംഗിൾ സ്ട്രാൻഡഡ് (ഒറ്റ ഇഴ മാത്രമുള്ള) ആർ.എൻ.എ കാണപ്പെടുന്നത്. ജീനോമിക് ആർ.എൻ.എയ്ക്ക് 30 Kb വലിപ്പമുണ്ട്.

SARS-CoV-2 ന് SARS-CoV യെപ്പോലുള്ള സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീൻ ഘടനയാണുള്ളത്. ഈ സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീന് S1, S2 എന്നിങ്ങനെ രണ്ട് സബ് യൂണിറ്റുകളുണ്ട്. S1 ലുള്ള റിസപ്ടർ ബൈൻഡിംഗ് ഡൊമെയ്ൻ (RBD) ആണ് മനുഷ്യരിലെ ആതിഥേയകോശത്തിലെ സ്വീകരിണികളുമായി സമ്പർക്കമുണ്ടാക്കുന്നത്. സ്പൈക്കിന്റെ സ്റ്റെം ആണ് S2 സബ് യൂണിറ്റ്. വൈറസിന്റെ കവചത്തിലുള്ള സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീനിലാണ് സ്വീകരിണി ബന്ധന മണ്ഡലം (റിസപ്ടർ ബൈൻഡിംഗ് ഡൊമെയ്ൻ - RBD) ഉള്ളത്. കൊറോണാവൈറസുകളിൽ ഏറ്റവും പരിവർത്തിത (വേരിയബിൾ) സ്വഭാവമുള്ളത് ഈ ഭാഗത്തിനാണ്. മനുഷ്യകോശോപരിതലത്തിലെ സ്വീകരിണികളുമായി ബന്ധിക്കപ്പെടുന്ന ഈ മണ്ഡലത്തിലെ ആറ് അമിനോഅമ്ലങ്ങൾ കോവിഡ്-19 വൈറസിൽ നിർണായകമാണ്. മുൻ സാർസ്-കൊറോണവൈറസിൽ (SARS-CoV) നിന്ന് കോവിഡ്-19 വൈറസിന് ഈ ആറ് അമിനോഅമ്ലങ്ങളിൽ അഞ്ചെണ്ണത്തിനും വ്യത്യാസമുണ്ട്. അതിനാൽ കോവിഡ്-19 വൈറസിന് മനുഷ്യകോശങ്ങളിലേയും പൂച്ചകൾ, കീരികൾ തുടങ്ങി മറ്റ് ജീവജാതികളിലേയും കോശസ്വീകരിണികളുമായി ഉയർന്ന ബന്ധനശേഷി കൈവരുന്നു എന്ന് തെളിഞ്ഞിട്ടുണ്ട്.

വൈറസിന്റെ ജനിതകം

ആർ.എൻ.എ വൈറസുകളിൽ ഏറ്റവും വലിയ (26.4–31.7 kb) ജീനോമാണ് കൊറോണാവൈറസുകൾക്കുള്ളത്. ആർ.എൻ.എ യുടെ 5′–3′ (5 പ്രൈം ടു 3 പ്രൈം) ക്രമത്തിൽ വൈറസ് ഘടന നൽകുന്ന S, E, M, N പ്രോട്ടീനുകളെ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകൾ കാണപ്പെടുന്നു. ഹോഴ്സ് ഷൂ വവ്വാലുകളിലെ റൈനോലോപ്പസ് (Rhinolophus genus) ജനുസിൽപ്പെട്ടവയിലാണ് സമാനമായ വൈറൽ ജീനോമുകളെ കണ്ടെത്തിയിരിക്കുന്നത്. വവ്വാലുകളിലെ കോറോണവൈറസുകളുമായി ജനിതകസാമ്യമുള്ള വൈറസാണിത്. S, L എന്നിങ്ങനെ രണ്ട് വൈറസ് സ്ട്രെയിനുകൾ (തരങ്ങൾ) ജീനോമിക് പഠനങ്ങളിലൂടെ കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. എൽ ടൈപ്പ് 70 ശതമാനവും എസ് ടൈപ്പ് 30 ശതമാനവും വരും. ഇതിൽ എൽ ടൈപ്പ് ആണ് ചൈനയിൽ വുഹാനിൽ തുടക്കത്തിൽ വ്യാപകമായത്. എസ് ടൈപ്പ് താരതമ്യേന പുരാതന ജീനോം വ്യവസ്ഥ പുലർത്തുന്നവയാണ്. ക്രയോജനിക് ഇലക്ട്രോൺ മൈക്രോസ്കോപ്പിയിലൂടെ അറ്റോമിക് തലത്തിൽ വൈറസിന്റെ സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീനുകളുടെ ചിത്രം തയ്യാറാക്കിയിട്ടുണ്ട്. 5.7ശരീരത്തിൽ വൈറസിന്റെ ശരാശരി ഇൻക്യുബേഷൻ കാലയളവ് 5.1 ദിവസമാണ്. അടിസ്ഥാന പ്രത്യുൽപാദനസംഖ്യ 5.7 ആണ്.

കോവിഡ്-19 വൈറസിന്റെ സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീൻ ജീനോമിക് ശ്രേണിയ്ക്ക് (സീക്വൻസ്) SARS-CoV യുമായി 76-78 ശതമാനം വരെയും സ്വീകരിണി (റിസപ്ടർ) ബൈൻഡിംഗ് ഡൊമെയിനിന് 73-76 ശതമാനവും സാമ്യമുണ്ട്. SARS-CoV യുടെ സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീൻ സ്വീകരണികളാണ് SARS-CoV-2 വിലുമുള്ളത്. TMPRSS2 എന്ന സെല്ലുലാർ പ്രോട്ടിയേയ്സ് രാസാഗ്നിയും രണ്ടിലും തുല്യമാണ്. എന്നാൽ വവ്വാലുകളിൽ കാണപ്പെടുന്ന bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21 എന്നീ കൊറോണവൈറസുകളോടാണ് സാർസ് കൊറോണവൈറസ്-2 വിന് കൂടുതൽ സാദൃശ്യം. ഫൈലോജനറ്റിക് പഠനങ്ങൾ സാർസ് കൊറോണവൈറസ് 2 വിന് SARS-like bat CoVs കളോടാണ് കൂടുതൽ സാദൃശ്യമുള്ളത് എന്ന് തെളിയിക്കുന്നു.

2018 ൽ കിഴക്കൻ ചൈനയിലെ Zhoushan ൽ നിന്നുമുള്ള വവ്വാലുകളിൽ കാണപ്പെടുന്ന രണ്ടിനം സാർസ് വൈറസുകളോട് ( bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21) 2019 കൊറോണ വൈറസിന് ജീനോം ശ്രേണിയിൽ 88% സാദൃശ്യമുണ്ട്. 2020 ജനുവരിയിൽ വൈറസിന്റെ പൂർണ ജീനോം തിരിച്ചറി‍ഞ്ഞു.സീറോളജിക്കൽ പഠനങ്ങൾ തെളിയിക്കുന്നത് പഠനം നടത്തിയ അഞ്ചു മുതൽ ഏഴുവരെ രോഗികളിൽ ശക്തമായ IgG പ്രതിദ്രവ്യങ്ങൾ (ആന്റിബോഡികൾ) 20 ദിവസത്തിനകം ശരീരത്തിൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാകുന്നു എന്നാണ്.

 

ഫൈലോജനറ്റിക് ഗവേഷണങ്ങളും കോവി‍ഡ് വൈറസിന്റെ 30 ഓളം ലഭ്യമായ സാമ്പിളുകളും 2019 നവംബർ മധ്യത്തോടെ കോവിഡ്-19 വൈറസ് മനുഷ്യരിലേയ്ക്ക് എത്തിച്ചേർന്നു എന്ന് തെളിയിക്കുന്നു.കൂടാതെ വൈറസിന്റെ മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്ക് (ഉൽപരിവർത്തനനിരക്ക്) 1.05x10–3 to1.26x10–3 ആണെന്ന് കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. SARS-CoV-2 ജീനോമിന് bat SARS-like coronavirus (Bat-CoV (RaTG13)) ജീനോമുമായി 96% സമാനതയുണ്ട്.

വൈറസിന്റെ ഘടനയിൽ വന്ന വിവിധ ഉൽപരിവർത്തനങ്ങളെ ആസ്പദമാക്കി ഐക്യരാഷ്ട്രസംഘടനയും മറ്റ് ചല ഏജൻസികളും വൈറസിന്റെ വകഭേദങ്ങൾക്ക് വിവിധ പേരുകൾ നൽകിയിട്ടുണ്ട്. അവയിൽ പ്രധാനം ആൽഫ, ബീറ്റ, ഗാമ, ഡെൽറ്റ, ഒമിക്രോൺ എന്നിവയാണ്. ഗ്രീക്ക് അക്ഷരമാലയാണ് ഈ പേരുകൾ നൽകാൻ ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്നത്. വൈറസിലെ വിവിധ ഉൽപരിവർത്തനങ്ങളെ അധികരിച്ച് ഫൈലോജനറ്റിക് അസൈൻമെന്റ് ഓഫ് നെയിംഡ് ഗ്ലോബൽ ഔട്ട്ബ്രേക്ക് ലിനിയേജസ് (The Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages), ചുരുക്കത്തിൽ PANGOLIN എന്നറിയപ്പെടുന്ന സോഫ്റ്റ്‍വെയർ വഴി നൽകുന്ന പേരുകളും നെക്സ്റ്റ്സ്ട്രെയിൻ എന്ന ഓപ്പൺസോഴ്സ് സോഫ്റ്റ്‍വെയർ നിർമാണ സംഘം നൽകുന്ന പേരുകളും കോവി‍ഡ്-19 വൈറസ് വകഭേദങ്ങളെ തിരിച്ചറിയാൻ സഹായിക്കുന്നു.

 

മനുഷ്യശ്വാസപഥത്തിലെ എപ്പിത്തീലിയൽ കോശങ്ങളായ ടൈപ്പ് II ന്യൂമോസൈറ്റുകളുടെ (Type II pneumocyte ) കോശസ്തരത്തിലുള്ള ആൻജിയോടെൻസിൻ കൺവേർട്ടിംഗ് എൻസൈം 2 (ACE2) എന്ന സ്വീകരിണിയിലേയ്ക്കാണ് വൈറസിന്റെ സ്പൈക്ക് പ്രോട്ടീനുകൾ (S1) ബന്ധിപ്പിക്കപ്പെടുന്നത്. എസ് 1 പ്രോട്ടീനുകളെ കോശസ്തരത്തിലേയ്ക്ക് പ്രവേശിപ്പിക്കുന്നതിന് TMPRSS2 എന്ന സെറീൻ പ്രോട്ടിയേയ്സ് എൻസൈം സഹായിക്കുന്നു. S1 ലെ റിസപ്ടർ ബൈൻഡിംഗ് ഡൊമെയിനിലെ 394 ഗ്ലൂട്ടാമിൻ റെസിഡ്യൂ (അമിനോആസിഡുകൾ) വിനെ ACE2സ്വീകരിണികളിലെ 31 ലൈസീൻ അമിനോആസിഡ് റെസിഡ്യൂ തിരിച്ചറിയുന്നു. ACE2 വിനോട് കൂടിച്ചേരുന്നതോടെ S പ്രോട്ടീനിലുണ്ടാകുന്ന രാസഘടനാമാറ്റം വൈറസ് ബാഹ്യകവചത്തെ ആതിഥേയകോശ (എപ്പിത്തീലിയൽ) സ്തരവുമായി പറ്റിച്ചേരുന്നതിനും കോശസ്തരത്തിന്റേതന്നെ ഭാഗമാക്കുന്നതിനും കാരണമാകുന്നു. വൈറസിന്റെ കവചം കോശസ്തരത്തിലേയ്ക്ക് ഇഴുകിച്ചേരുന്നു എന്നർത്ഥം. തുടർന്ന് വൈറസിനുള്ളിലെ ജീനോം ആർ.എൻ.എ കോശദ്രവ്യത്തിലേയ്ക്ക് പ്രവേശിക്കുന്നു.
വൈറസ് രൂപപ്പെടുത്തുന്ന മൂന്ന് വ്യാപനഘടകങ്ങൾ പുതിയ വിറിയോണുകളെ (വൈറസ് ഘടകങ്ങൾ) ആതിഥേയ കോശത്തിൽ നിന്ന് പുറത്തെത്തിക്കുന്നു എന്നും ആതിഥേയകോശത്തിന്റെ പ്രതിരോധ പ്രവർത്തനങ്ങളെ തടയുന്നു എന്നും കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്.

വൈറസിന്റെ പെരുകൽ

ശ്വാസകോശങ്ങളിലെ ടൈപ്പ് 2 ആൽവിയോളാർ കോശങ്ങൾ, അന്നനാളത്തിൽ മുകളിലും താഴെയുമുള്ള സ്ട്രാറ്റിഫൈഡ് എപ്പിത്തീലിയ കോശങ്ങൾ, ഇലിയം, കോളൻ എന്നിങ്ങനെ വൻകുടലിന്റെ ഭാഗങ്ങളിലുള്ള ആഗിരണപ്രതലത്തിലെ എന്ററോസാറ്റുകൾ, ഹൃദയപേശിയിലെ കോശങ്ങൾ, വൃക്കകളിലെ പ്രോക്സിമൽ ട്യൂബ്യൂളുകൾ, മൂത്രസഞ്ചിയിലെ യൂറോത്തീലിയ കോശങ്ങൾ എന്നിവയിലെല്ലാം ഉയർന്ന അളവിൽ ആൻജിയോടെൻസിൻ കൺവേർട്ടിംഗ് എൻസൈം-2 വിനെ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നത് തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുണ്ട്. ഇത്തരം ആതിഥേയകോശങ്ങളെയാണ് കോറോണാവൈറസ് ബാധിക്കുന്നത്. ആതിഥേയകോശത്തിലെത്തിയ ജീനോമിക് ആർ.എൻ.എ കോശത്തിലെ റൈബോസോമിൽവച്ച് വൈറസ് റെപ്ലിക്കേയ്സ് പോളിപ്രോട്ടീനുകൾ ആയ pp1a, pp1ab എന്നിവയുണ്ടാക്കുകയും തുടർന്ന് വൈറസ് പ്രോട്ടീനേയ്സ് രാസാഗ്നികളുണ്ടാവുകയും ചെയ്യുന്നു. ഒരു ആർ.എൻ.എ വൈറസായതിനാൽ ശരീരകോശത്തിനുള്ളിലെത്തിയ വൈറസിന്റെ ജീനോമിക് ആർ.എൻഎ വിഭജിച്ച് നിരവധി ലഘു ആർ.എൻ.എകൾ (സബ് ജീനോമിക് ആർ.എൻ.എകൾ) രൂപപ്പെടുന്നു. ഒൻപത് സബ്ർജീനോമിക് ആർ.എൻ.എകളാണ് കോശത്തിനുള്ളിൽ രൂപപ്പെടുന്നത്. ഈ സബ്ർജീനോമിക് ആർ.എൻഎ കളാണ് വൈറസ് പെരുകലിനാവശ്യമായ വിവിധ പ്രോട്ടീനുകളെ നിർമ്മിക്കുന്നത്. ആതിഥേയകോശത്തിന്റെ പരുക്കൻ അന്തർദ്രവ്യജാലികയിൽവച്ച് (റഫ് എൻഡോപ്ലാസ്മിക് റെട്ടിക്കുലം) പ്രോട്ടീനുകൾ (സ്പൈക്ക്, എൻവലപ്, മൈംബ്രേൻ) രൂപപ്പെടുകയും ഇത്തരം പ്രോട്ടീനുകളും ജീനോം ആർ.എൻ.എകളും എൻഡോപ്ലാസ്മിക് റെട്ടിക്കുലം- ഗോൾഗി ഇന്റർമീഡിയേറ്റ് കമ്പാർട്ടുമെന്റിൽവച്ച് (ERGIC, ER–Golgi intermediate compartment) കൂടിച്ചേർന്ന് പുതിയ വിറിയോണുകൾ ഉണ്ടാകുന്നു. റഫ് എൻഡോപ്ലാസ്മിക് റെട്ടിക്കുലത്തിൽ നിന്ന് രൂപപ്പെടുന്ന വെസിക്കിളുകൾ എന്ന അറകളിലെത്തുന്ന പുതിയ ഈ വിറിയോണുകൾ (വൈറസുകൾ) എക്സോസൈറ്റോസിസ് എന്ന പ്രക്രിയയിലൂടെ കോശസ്തരത്തെ പൊട്ടിച്ച് പുറത്തെത്തുന്നു.

ശരീരകോശങ്ങൾക്കുണ്ടാകുന്ന പ്രത്യാഘാതം

ടൈപ്പ് II ന്യൂമോസിസ്റ്റുകളിൽ ഉയർന്ന അളവിൽ വൈറസ് പ്രോട്ടീനുകൾ ഉണ്ടാകുന്ന സമ്മർദ്ദത്തിൽ കോശങ്ങൾക്ക് നാശം (Apoptosis) സംഭവിക്കുന്നു. കൂടാതെ, വൈറസിൽ നിന്ന് കോശത്തിലേയ്ക്ക് എത്തിയ ജീനോമിക് ആർ.എൻഎ രോഗാണുബന്ധിത തൻമാത്രാശ്രേണി (pathogen-associated molecular pattern (PAMP)) ആയി പ്രവർത്തിക്കുകയും ശ്രേണീസംവേദസ്വീകരിണികൾ (pattern recognition receptor or toll-like receptors) ഇവയെ തിരിച്ചറിയുകയും കീമോകൈനുകളുടെ കുതിപ്പുണ്ടാവുകയും ഇവിടേയ്ക്ക് ന്യൂട്രോഫില്ലുകൾ എന്ന വെളുത്ത രക്താണുക്കളുടെ എണ്ണവും പ്രവർത്തനവും കൂടുന്നു. ഇത് ശ്വാസകോശവായുഅറകളെച്ചുറ്റിയുള്ള രക്തലോമികകളെ നശിപ്പിക്കുന്നു. ഇത് ആത്യന്തികമായി വായുഅറകളേയും നശിപ്പിക്കുന്നു.

ശരീരകോശങ്ങളിലെത്തിയ വൈറസുകളെ പ്രതിരോധിക്കുന്നതിനായി ശരീരം വീങ്ങൽ പ്രതികരണം നടത്തുന്നു. (സിസ്റ്റമിക് ഇൻഫ്ളമേറ്ററി റെസ്പോൺസ്). വളരെ ഉയർന്ന അളവിൽ നിരവധി സൈറ്റോകൈനുകളും കീമോകൈനുകളും ഉത്പാദിപ്പിക്കപ്പെടുന്നു. വളരെ ഉയർന്ന അളവിൽ രൂപപ്പെടുന്ന സൈറ്റോകൈനുകൾ വൈറസുകളേയും ശരീരകോശങ്ങളെത്തന്നെയും നശിപ്പിക്കുന്നു. നശിപ്പിക്കപ്പെട്ട വൈറസ് ഘടകങ്ങളും ശരീരകോശങ്ങളും ശ്വാസകോശത്തിലെ വായുഅറകളിൽ നിന്ന് പുറന്തള്ളുന്നതിന് ഉയർന്ന അളവിൽ ശ്ലേഷ്മദ്രവത്തെ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു. ഇത് ശ്വാസകോശപ്രവർത്തനങ്ങളെ സാരമായി ബാധിക്കുന്നു. നിയന്ത്രണാതീതമായാൽ അക്യൂട്ട് റെസ്പിറേറ്ററി ഡിസ്ട്രസ് സിൻഡ്രോം (എ.ആർ.ഡി.എസ്) എന്ന അവസ്ഥയിലെത്തി മരണകാരണമാകുന്നു.

ചൈനയിൽ കോവിഡ്-19 ബാധിച്ച 5732 പേരിൽ നടന്ന പഠനങ്ങളിൽ പനിയും ചുമയുമാണ് മുഖ്യലക്ഷണമായി തിരിച്ചറിഞ്ഞത്. മിക്കവരിലും നെഞ്ചിന്റെ സി.ടി. സ്കാനിൽ വൈകല്യങ്ങൾ കാണിച്ചു. ക്ഷീണവും, വയറിളക്കവും തൊണ്ടവേദനയും ബാധിച്ചവരുണ്ട്. പ്രായം ചെന്നവരും പ്രമേഹം, ഹൃദയവൈകല്യങ്ങൾ, ശ്വാസകോശവൈകല്യങ്ങൾ എന്നിവയുള്ളവരിലാണ് രോഗം മൂർച്ഛിക്കുക.

വൈറസ് ബാധയേറ്റ് രോഗലക്ഷണങ്ങൾ പ്രകടമാകുന്നതിന് ഒന്നോ രണ്ടോ ദിവസങ്ങൾക്കകം തന്നെ ഉപരിശ്വാസപഥങ്ങളിൽ (Higher respiratory tracts) വൈറസിന്റെ സാന്നിധ്യം കണ്ടെത്താം. സാധാരണ അവസ്ഥയിൽ 7 മുതൽ 12 ദിവസം വരെ വൈറസ് ശരീരത്തിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്നു. എന്നാൽ കടുത്ത (അക്യൂട്ട്) അവസ്ഥയിൽ 2 ആഴ്ചയോളം വൈറസ് ശരീരത്തിൽ സ്ഥിതി ചെയ്യും. രോഗബാധയേറ്റ് 5 ദിവസത്തിനുശേഷം 30 ശതമാനം രോഗികളുടേയും മലത്തിൽ വൈറസിന്റെ ആർ.എൻ.എ യുടെ സാന്നിധ്യമുണ്ടാകും. സിങ്കപ്പൂരിൽ രോഗികളിൽ 24 ദിവസം വരെ മൂക്കുമുതൽ തൊണ്ടവരെയുള്ള സ്ഥാനങ്ങളിലെ സ്രവങ്ങളിൽ വൈറസിന്റെ സാന്നിധ്യം കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. രോഗലക്ഷണങ്ങളില്ലാത്ത ആൾക്കാരിലും വൈറസ് സാന്നിധ്യം കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. വൈറസ് ജീനോം തിരിച്ചറിഞ്ഞ് ഒരാഴ്ചക്കുശേഷം ജർമൻ ശാസ്ത്രജ്ഞർ കോവിഡ്-19 രോഗബാധ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള പ്രാഥമിക രോഗനിർണയവ്യവസ്ഥ (First Diagnostic Protocol) പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. രോഗിയുടെ മൂക്കിൽ നിന്നും തൊണ്ടയിൽ നിന്നും ശേഖരിക്കുന്ന സ്രവത്തിൽ നിന്ന് പി.സി.ആർ (പോളിമെറേയ്സ് ചെയിൻ റിയാക്ഷൻ) പ്രക്രിയയിലൂടെയാണ് വൈറസിനെ തിരിച്ചറിയുന്നത്. സാർസ് കൊറോണവൈറസ്-2 ൽ 30000 ത്തോളം ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുണ്ട്. ഇതിലെ ഏകദേശം 100 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളെയാണ് പി.സി.ആർ വഴി പരിശോധിക്കുന്നത്. ഈ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളിലുള്ള രണ്ട് ജീനുകൾ- വൈറസിനെ പൊതിഞ്ഞിരിക്കുന്ന ബാഹ്യാവരണത്തിൽ (എൻവലപ്) കാണപ്പെടുന്ന പ്രോട്ടീൻ ഉത്പാദക ജീൻ ആയ SARS-CoV-2’s E gene നെയും ആർ.എൻ.എ ഡിപെൻഡന്റ് ആർ.എൻ.എ പോളിമെറേയ്സ് എന്ന രാസാഗ്നി (എൻസൈം) ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്ന ജീനിനേയുമാണ് ഈ പ്രക്രിയയിലൂടെ തിരിച്ചറിയുന്നത്. സാർസ് കൊറോണവൈറസ് -2 ടെസ്റ്റ് പോസിറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ സാർസ്-കൊറോണവൈറസ്-2 ന്റെ ആർ.എൻ.എ ശരീരത്തിലുണ്ട് എന്നും അതിനാൽ ആ വ്യക്തി കോവിഡ്-19 രോഗബാധിതനായിരിക്കുന്നു എന്നും ഒപ്പം രോഗത്തെ മറ്റുള്ളവരിലേയ്ക്ക് വ്യാപിപ്പിക്കാനാകും എന്നും മനസിലാക്കാം.

സാർസ് കൊറോണവൈറസ് 2 ബാധിച്ച രോഗിയുടെ ചുമയോ മൂക്കുചീറ്റലോ രൂപപ്പെടുത്തുന്ന തുള്ളികളിൽ നിന്നാണ് മനുഷ്യരിൽ നിന്ന് മനുഷ്യരിലേയ്ക്ക് രോഗം വ്യാപിക്കുന്നത്. ചുമയും തുമ്മലും ഏകദേശം 6 അടിവരെ (1.8 മീറ്റർ) ദൂരത്തിലേയ്ക്ക് വൈറസിനെ എത്തിയ്ക്കും. വൈറസുകൾ എത്തിച്ചേരുന്ന പ്രതലങ്ങൾ മറ്റുള്ളവരിലേയ്ക്ക് രോഗബാധയ്ക്ക് കാരണമാകും. രോഗബാധിതരുടെ മലത്തിലും വൈറസിന്റെ സാന്നിധ്യമുണ്ട്. രോഗബാധയേറ്റ ആളിൽ രോഗലക്ഷണങ്ങൾ പ്രത്യക്ഷപ്പെടാതിരിക്കുന്ന അത്രയും കാലവും (ഇൻക്യുബേഷൻ പീരിയഡ്) വൈറസിനെ പകർത്താനാകും. സാർസ് കൊറോണവൈറസ്-2 ബാധ മൂലമുള്ള മരണനിരക്ക് 2 ശതമാനമാണ്. വായുകണികകളിൽ മൂന്നുമണിക്കൂറും ചെമ്പ് പ്രതലത്തിൽ 4 മണിക്കൂറും കാർഡ്ബോർഡിൽ 24 മണിക്കൂർ നേരവും പ്ലാസ്റ്റിക്കിലും സ്റ്റെയിൻലസ് സ്റ്റീലിലും മൂന്നുദിവസം വരേയും വൈറസ് ജീവിച്ചിരിക്കുമെന്ന് പഠനങ്ങൾ തെളിയിക്കുന്നു. ഇതുവരെ വൈറസ് ഘടകങ്ങളെ ഗർഭിണികളിൽ അമ്നിയോട്ടിക് ദ്രവത്തിലോ മുലപ്പാലിലോ കണ്ടെത്തിയിട്ടില്ല.

50 ഉം അതിൽക്കൂടുതലും പ്രായമായവർക്ക് മറ്റുള്ളവരെ അപേക്ഷിച്ച് അങ്ങേയറ്റം രോഗാതുരമായ അവസ്ഥയിലെത്തിച്ചേരാൻ രണ്ടരയിരട്ടി സാധ്യതയുണ്ട്. തീവ്രമായ രോഗം എന്നതുകൊണ്ട് വിവക്ഷിക്കുന്നത് ശ്വാസമെടുക്കാൻ ബുദ്ധിമുട്ടുണ്ടായശേഷം മിനിറ്റിൽ മുപ്പതോ അതിലധികമോ തവണ കൃത്രിമശ്വാസം നൽകേണ്ടിവരുമ്പോഴും രക്തത്തിൽ ഓക്സിജന്റെ അളവ് വളരെ താഴുകയും 24 മുതൽ 48 മണിക്കൂറിനകം ശ്വാസകോശത്തിന്റെ പ്രവർത്തനക്ഷമത 50 ശതമാനത്തിലേറെ കുറയുമ്പോഴുമാണ്. ഉയർന്ന രക്തസമ്മർദം, പ്രമേഹം, ഹൃദയവൈകല്യങ്ങൾ എന്നിവയുള്ളവർക്ക് രോഗസാധ്യത രണ്ടുമുതൽ മൂന്നുവരെ ഇരട്ടിയാകും.ക്രോണിക് ഒബ്സ്ട്രക്ടീവ് പൾമണറി ഡിസോർഡർ ഉള്ളവർക്ക് രണ്ടര മുതൽ 11 വരെ ഇരട്ടി രോഗമൂർച്ഛാസാധ്യതയുണ്ട്.

നിലവിൽ ഫലപ്രദമായ യാതൊരു ചികിത്സയും ഈ രോഗത്തിനില്ല. ലോകമെമ്പാടും പലതരത്തിലുള്ള ചികിത്സാപദ്ധതികൾ മരുന്നുകൾ കണ്ടെത്തിവരുന്നു എങ്കിലും അവയൊന്നും രോഗചികിത്സയ്ക്ക് ഫലപ്രദമല്ല. ആശുപത്രിയിൽ പ്രവേശിപ്പിക്കപ്പെട്ട കോവിഡ് രോഗം മൂർച്ഛിച്ച രോഗികളിൽ ലോപിനാവിർ-റിട്ടോനാവിർ (lopinavir–ritonavir) ചികിത്സ നൽകാമെന്ന ധാരണ തെറ്റാണെന്ന് തെളിഞ്ഞു.

വിവിധ പ്രതലങ്ങളിൽ/കണികകളിൽ വൈറസ് തങ്ങിനിൽക്കുന്ന കാലയളവ് പട്ടികപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു.

അമേരിക്കയുടെ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിട്യൂട്ട് ഓഫ് ഹെൽത്ത് (NIH) , മോഡേണാ ബയോടെക്നോളജി കമ്പനിയുടെ പകർച്ചവ്യാധി നിയന്ത്രണവിഭാഗവുമായിച്ചേർന്ന് 2020 ജനുവരി 13 ന് വൈറസിനെതിരെ mRNA-1273 എന്ന വാക്സിൻ പരീക്ഷണത്തിനായി പ്രയോഗിക്കുന്നതിന് അന്തിമതീരുമാനമെടുത്തു. Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI) ആണ് ഈ വാക്സിൻ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നതിന് സാമ്പത്തികസഹായം ചെയ്യുന്നത്. മോ‍ഡേണയിലെ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിട്യൂട്ട് ഓഫ് അലർജി ആന്റ് ഇൻഫെക്ഷ്യസ് ഡിസീസ് (NIAID) ആണ് വാക്സിൻ ഗവേഷണങ്ങൾ നടത്തുന്നത്. ആറാഴ്ച നീണ്ടുനിൽക്കുന്ന ഓപൺ ലേബൽ പഠനത്തിന് 45 രോഗികൾ പങ്കാളികളാകുന്നു. പൂർണമായും ഫലപ്രദമായ വാക്സിൻ ഉത്പാദിപ്പിക്കാൻ 12 മുതൽ 18 വരെ മാസമെടുക്കും. SARS-CoV-2 ന്റെ ജനറ്റിക് കോഡ് പകർപ്പെടുത്താണ് ഈ വാക്സിൻ നിർമ്മിക്കുന്നത്. ആദ്യഘട്ടത്തിൽ mRNA-1273 ഘടകത്തിന്റെ സുരക്ഷയും പ്രതിരോധവൽക്കരണസാധ്യതയും അറിയാൻ 25μg, 100μg, 250μg ഡോസുകളാണ് 18 മുതൽ 55 വരെ പ്രായമുള്ള സന്നദ്ധാംഗങ്ങൾക്ക് നൽകുന്നത്. 2020 മാർച്ച് 16 ന് ആദ്യപങ്കാളി (ജെന്നിഫർ ഹാലർ) വാക്സിൻ സ്വീകരിച്ചു. കോവിഡ്-19 കാൻഡിഡേറ്റ് വാക്സിനുകളുടെ ലിസ്റ്റ് ലോകാരോഗ്യസംഘടന പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു.

അമേരിക്കയുടെ എൻവയോൺമെന്റൽ പ്രൊട്ടക്ഷൻ ഏജൻസി (EPA) ഓക്സിസൈഡുകൾ, ലൈസോളുകൾ, പെറോക്സൈഡുകൾ എന്നിവ ഉൾപ്പെടെ സാർസ് കൊറോണവൈറസ് 2 വിനെ നശിപ്പിക്കുന്ന അണുനാശിനികളുടെ ലിസ്റ്റ് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. കൊറോണ വൈറസ് അണുബാധയ്ക്ക് റെംഡെസിവിർ, ലാഗെവ്രിയോ അല്ലെങ്കിൽ ക്ലോറിൻ ഡൈ ഓക്സൈഡ് ലായനി എന്നിവയുൾപ്പെടെ വിവിധ ചികിത്സകളും ഉപയോഗിച്ചിട്ടുണ്ട്.