Pur conscia dei rischi legati alla guerriglia che da decenni dilania la Colombia, nel 1999 la CONMEBOL decise di affidare l'organizzazione dell'edizione 2001 al Paese andino per la prima volta nella sua storia. Il mondo sportivo e le autorità colombiane si impegnarono ad organizzare un evento sicuro, predisponendo ingenti dispiegamenti di polizia e dell'esercito per proteggere calciatori e tifosi.
Il torneo fu vinto dalla Colombia stessa, che batté la nazionale ospitante nordamericana del Messico per 1-0 e si portò a casa il primo (e attualmente unico) trofeo della Copa América nella storia.
Per l'evento venne confermata la formula ormai adottata da quattro edizioni, con 12 nazionali partecipanti divise in 3 gironi all'italiana da 4 ciascuno. Le prime due classificate più le 2 migliori terze si sarebbero qualificate ai quarti. Da questo momento il torneo avrebbe preso la forma dell'eliminazione diretta.
Città e stadi
Per ospitare le 26 gare della manifestazione, in programma dall'11 al 29 luglio 2001, furono scelte le seguenti città con i relativi stadi:
Quali squadre partecipanti, oltre alle 10 nazionali della CONMEBOL, furono invitate in un primo momento Messico e Canada. I messicani erano ormai ospiti fissi del torneo da 5 edizioni, mentre i canadesi sarebbero stati così omaggiati della propria vittoria della CONCACAF Gold Cup, ottenuta l'anno prima battendo in finale proprio la Colombia.
Pochi giorni prima della data prevista per l'inizio del torneo gli scontri fra le forze governative colombiane e i guerriglieri delle FARC si riacutizzarono sensibilmente. Di fronte alla drammatica situazione la CONMEBOL convocò d'urgenza una riunione per il 28 giugno, al fine di discutere sul da farsi. Al termine, il massimo organo calcistico sudamericano dispose la revoca dell'organizzazione alla Colombia per l'estrema gravità delle contingenze interne, mentre il Venezuela si offrì di ospitare l'evento in sua sostituzione. L'offerta dei venezuelani fu però rifiutata e il 30 giugno, in una nuova riunione, la CONMEBOL riassegnò la manifestazione alla Colombia, posticipandola però di un anno. Le autorità colombiane si opposero tuttavia alla decisione, promettendo massime garanzie di sicurezza e facendo notare la difficoltà di conciliare nel 2002 il calendario della Copa América con quello dei mondiali di Giappone e Corea del Sud, che si sarebbero disputati nello stesso anno. Di fronte a tali motivazioni, il 5 luglio la CONMEBOL fece marcia indietro e confermò l'edizione 2001 in Colombia, nelle stesse date previste, ma notevoli furono a questo punto le proteste di molte altre federazioni calcistiche sudamericane, che non si sentivano sicure in un clima come quello che si respirava al momento in Colombia.
Fu così che, dopo l'annuncio di Brasile e Uruguay di partecipare con nazionali di secondo piano, il 6 luglio il Canada diede il proprio forfait. In sostituzione dei nordamericani fu così chiamata in extremis la Costa Rica, che partecipava in tal modo al torneo per la seconda volta dopo l'edizione 1997. Rimase in forse anche la partecipazione dell'Argentina, che il 10 luglio, alla vigilia della prima partita, si ritirò anch'essa dalla Copa América, lamentando minacce di morte ricevute dai propri calciatori. Nonostante il disappunto dei tifosi biancocelesti, la Federazione argentina non ritornò sulla propria decisione, costringendo così gli organizzatori a trovare in poche ore un sostituto. La scelta cadde sull'Honduras, che accettò, nonostante l'allenatore Ramón Maradiaga fosse stato costretto a convocare in pochissime ore i propri calciatori, già partiti per le vacanze. La nazionale honduregna fu quindi trasportata in Colombia da un aereo dell'aviazione militare colombiana, giungendo la mattina dell'11 luglio a Medellín, dove avrebbe esordito 2 giorni dopo contro la Costa Rica.
La nuova composizione dei gironi
Il salvataggio all'ultimo momento della manifestazione fece confermare tutto il calendario: le uniche modifiche furono le sostituzioni di Canada e Argentina rispettivamente con Costa Rica e Honduras.
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