| Nom | Pays, ville | Année de fondation |
| Musée d'histoire naturelle de Brunswick |  Allemagne, Brunswick | 1754 |
| Musée d'histoire naturelle de Bamberg | Allemagne, Bamberg | 1791 |
| Musée Godeffroy | Allemagne, Hambourg | 1861 (fermé en 1878) |
| Musée Hauff | Allemagne, Holzmaden | 1936 |
| Musée national d'histoire naturelle de Karlsruhe | Allemagne, Karlsruhe | 1785 |
| Musée d'histoire naturelle de Leipzig | Allemagne, Leipzig | 1906 |
| Musée d'histoire naturelle de Mayence | Allemagne, Mayence | 1910 |
| Musée d'histoire naturelle de Nuremberg | Allemagne, Nuremberg | 1884 |
| Muséum Senckenberg | Allemagne, Francfort-sur-le-Main | 1914 |
| Musée national d'histoire naturelle de Stuttgart | Allemagne, Stuttgart | 1914 |
| Musée westphalien d'Histoire naturelle | Allemagne, Münster | 1892 |
| Maison de la nature - Musée de la nature et des techniques |  Autriche, Salzbourg | 1924 |
| Muséum régional des Sciences naturelles |  Belgique, Mons | 1839 |
| Musée d'histoire naturelle de Tournai | Belgique, Tournai | 1839 |
| Musée royal de l’Afrique centrale | Belgique, Tervuren | 1897 |
| Aquarium-Muséum Universitaire de Liège | Belgique, Liège | 1962 |
| Musée d'archéologie et d'ethnologie de São Paulo |  Brésil, São Paulo | 1989 |
| Musée des Géosciences | Brésil, São Paulo | 1934 |
| Musée de Zoologie | Brésil, São Paulo | 1969 |
| Musée des roches et des Minéraux Heinz Ebert | Brésil, São Paulo | 1976 |
| Musée géologique Valdemar Lefèvre | Brésil, São Paulo | 1967 |
| Musée du Pará Emílio-Goeldi | Brésil, Belém | 1866 |
| Musée d'histoire naturelle de Shanghaï |  Chine, Pékin | 1956 |
| Musée La Salle des sciences naturelles |  Costa Rica, San José | 1960 |
| Musée des sciences naturelles d'Alava |  Espagne, Vitoria-Gasteiz | 1986 |
| Musée des Sciences naturelles de Barcelone | Espagne, Barcelone | 1882 |
| Musée Peabody d'histoire naturelle |  États-Unis, New Haven | 1866 |
| Musée américain d'histoire naturelle | États-Unis, New York | 1877 |
| Institut des arts et des sciences de Staten Island | États-Unis, New York | 1881 |
| Musée Carnegie d'histoire naturelle | États-Unis, Pittsburgh | 1896 |
| Musée d'histoire naturelle de Cleveland | États-Unis, Cleveland | 1920 |
| Musée Field | États-Unis, Chicago | 1893 |
| Musée d'histoire naturelle de Floride | États-Unis, Tallahassee | 1891 |
| Musée d'histoire naturelle d'Harvard | États-Unis, Cambridge | 1998 |
| Musée de Zoologie comparée | États-Unis, Cambridge | 1859 |
| Musée d'histoire naturelle de San Diego | États-Unis, San Diego | 1874 |
| Musée d'histoire naturelle de Santa Barbara | États-Unis, Santa Barbara | 1916 |
| Académie des sciences de Californie | États-Unis,San Francisco | 1874 |
| Musée d'histoire naturelle de l'Utah | États-Unis, Salt Lake City | 1963 |
| Musée Burke d'histoire naturelle et de culture | États-Unis, Seattle | 1899 |
| Musée d'histoire naturelle Slater | États-Unis, Tacoma | 1930 |
| Musée d'histoire naturelle Fernbank | États-Unis, Atlanta | 1992 |
| Musée d'histoire naturelle du comté de Los Angeles | États-Unis, Los Angeles | 1913 |
| Musée Bishop | États-Unis, Honolulu | 1889 |
| Muséum d'histoire naturelle d'Aix-en-Provence |  France, Aix-en-Provence | 1838 |
| Muséum des sciences naturelles d'Angers | France, Angers | 1801 |
| Muséum des Volcans | France, Aurillac | 1972 |
| Muséum d'histoire naturelle d'Autun | France, Autun | 1964 |
| Muséum d'histoire naturelle d'Auxerre | France, Auxerre | 1979 |
| Muséum Requien | France, Avignon | 1840 |
| Muséum de Besançon | France, Besançon | 1943 |
| Muséum d'histoire naturelle de Blois | France, Blois | 1903 |
| Muséum d'histoire naturelle de Bordeaux | France, Bordeaux | 1811 |
| Muséum d'histoire naturelle de Bourges | France, Bourges | 1927 |
| Muséum d'histoire naturelle de Caen | France, Caen | 1823 (détruit en 1944) |
| Musée d'Initiation à la nature | France, Caen | 1974 |
| Muséum des sciences naturelles et de préhistoire de Chartres | France, Chartres | 1967 (fermé depuis 2015) |
| Muséum d'histoire naturelle de Chambéry | France, Chambéry | 1846 |
| Musée d'histoire naturelle et d'ethnographie de Colmar | France, Colmar | 1860 |
| Muséum Emmanuel-Liais | France, Cherbourg-en-Cotentin | 1832 |
| Muséum Henri-Lecoq | France, Clermont-Ferrand | 1873 |
| Muséum d'histoire naturelle de Dijon | France, Dijon | 1836 |
| Muséum d'histoire naturelle de Gray | France, Gray | 1839 |
| Muséum d'histoire naturelle de Grenoble | France, Grenoble | 1773 |
| Muséum d'histoire naturelle du Havre | France, Le Havre | 1881 |
| Muséum d'histoire naturelle de La Rochelle | France, La Rochelle | 1832 |
| Muséum d'histoire naturelle de La Réunion | France, Saint-Denis | 1854 |
| Musée vert | France, Le Mans | 1995 |
| Musée d'Histoire naturelle de Lille | France, Lille | 1822 |
| Musée des Confluences | France, Lyon | 2014 (1772) |
| Muséum d'histoire naturelle de Marseille | France, Marseille | 1819 |
| Muséum d'histoire naturelle Victor Brun | France, Montauban | 1819 |
| Musée d'archéologie et d'histoire naturelle de Montbéliard | France, Montbéliard | 1937 |
| Muséum de Nantes | France, Nantes | 1810 (1799) |
| Muséum-aquarium de Nancy | France, Nancy | 1933 |
| Muséum d'histoire naturelle de Nice | France, Nice | 1846 |
| Muséum d'histoire naturelle de Nîmes | France, Nîmes | 1895 |
| Muséum d'Orléans pour la biodiversité et l'environnement | France, Orléans | 1823 |
| Muséum d'histoire naturelle de Perpignan | France, Perpignan | 1900 |
| Muséum d'histoire naturelle de Rennes | France, Rennes | 1840 |
| Muséum de Rouen | France, Rouen | 1828 |
| Musée d'Elbeuf | France, Elbeuf | 1884 |
| Musée zoologique de Strasbourg | France, Strasbourg | 1804 |
| Muséum d'histoire naturelle de Toulouse | France, Toulouse | 1796 |
| Muséum d'histoire naturelle de Tours | France, Tours | 1828 (1780) |
| Musée des fossiles de Tourtour | France, Tourtour | 1978 |
| Muséum départemental du Var | France, Toulon | 1888 |
| Muséum d'histoire naturelle de Troyes | France, Troyes | 1833 |
| Musée d'histoire naturelle de Crète |  Grèce, Héraklion | 1981 |
| Muséum et galerie d'art du gouvernement de Chandigarh |  Inde, Chandigarh | 1968 |
| Musée d'histoire naturelle de l'université de Florence |  Italie, Florence | 1775 |
| Musée municipal d'histoire naturelle | Italie, Milan | 1838 |
| Musée zoologique de Naples | Italie, Naples | 1813 |
| Musée municipal d'histoire naturelle | Italie, Gênes | 1867 |
| Musée d'histoire naturelle de Pavie | Italie, Pavie | 1771 |
| Musée régional de sciences naturelles | Italie, Turin | 1978 |
| Musée océanographique de Monaco |  Monaco, Monaco | 1889 |
| Musée d'histoire naturelle de Bergen |  Norvège, Bergen | 1825 |
| Muséum d'histoire naturelle et d'archéologie de Trondheim | Norvège, Trondheim | 1926 |
| Musée régional de Drenthe |  Pays-Bas, Assen | 1854 |
| Musée de l'horlogerie et du pays du Peel de Asten | Pays-Bas | 1969 |
| Musée du Biesbosch | Pays-Bas, Werkendam | 1994 |
| Natuurmuseum Bruinenberg | Pays-Bas, Feanwâlden | 1951 |
| Musée de la nature d'Enschede | Pays-Bas, Enschede | (fermé depuis 2007) |
| Musée de la nature de Groningue | Pays-Bas, Groningue | 1932 (fermé depuis 2007) |
| Diorama de la nature de Holterberg | Pays-Bas | 1938 |
| Ecomare | Pays-Bas, Texel | 1929 |
| Musée de la nature de Fryslân | Pays-Bas, Leuvarde | 1923 |
| Musée de la nature de Nimègue | Pays-Bas, Nimègue | 1978 |
| Musée de la nature du Brabant | Pays-Bas, Tilbourg | 1935 |
| Musée d'histoire naturelle de Rotterdam | Pays-Bas, Rotterdam | 1927 |
| Musée régional de la nature de Frise occidentale | Pays-Bas, Sint Pancras | (fermé depuis 2016) |
| Musée zoologique d'Amsterdam | Pays-Bas, Amsterdam | 1838 (fermé depuis 2011) |
| Musée de la science de l'université de Coimbra |  Portugal, Coimbra | 2006 (1772) |
| Musée d'histoire naturelle du Funchal | Portugal, Funchal | 1933 |
| Musée géologique du Laboratoire national d'énergie et géologie | Portugal, Lisbonne | 1857 |
| Museu Maynense da Academia das Ciências de Lisboa | Portugal, Lisbonne | 1779 |
| Muséum de Lourinhã | Portugal, Lourinhã | 1984 |
| Musée Aquarium Vasco da Gama | Portugal, Oeiras | 1898 |
| Musée Carlos Machado | Portugal, Ponta Delgada | 1876 |
| Musée d'histoire naturelle et de la science de l'université de Porto | Portugal, Porto | 2015 (1996) |
| Musée d'histoire naturelle de Sintra | Portugal, Sintra | 2009 |
| Musée d'histoire naturelle de l'université d'Oxford |  Royaume-Uni, Oxford | 1850 |
| Great North Museum: Hancock | Royaume-Uni, Newcastle upon Tyne | 1884 |
| Natural History Museum at Tring | Royaume-Uni, Tring | 1892 |
| Musée de l'Ulster | Irlande du Nord, Belfast | 1821 |
| Musée d'histoire naturelle de Bâle |  Suisse, Bâle | 1821 |
| Musée d'histoire naturelle de Berne | Suisse, Berne | 1832 |
| Musée de la nature des Grisons | Suisse, Coire | 1872 |
| Musée cantonal de géologie de Lausanne | Suisse, Lausanne | 1818 |
| Musée cantonal de zoologie de Lausanne | Suisse, Lausanne | 1833 |
| Musée cantonal d'histoire naturelle de Lugano | Suisse, Lugano | 1883 |
| Musée d'histoire naturelle de Fribourg | Suisse, Fribourg | 1823 |
| Musée d'histoire naturelle de La Chaux-de-Fonds | Suisse, La Chaux-de-Fonds | 1845 |
| Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel | Suisse, Neuchâtel | 1853 |
| Musée jurassien des sciences naturelles | Suisse, Porrentruy | 1989 |
| Musée de la nature du Valais | Suisse, Sion | 1829 |
| Musée de Moravie |  Tchéquie, Brno | 1817 |
| Musée d'histoire naturelle de La Salle |  Venezuela, Caracas | 1904 |
Afrique du Sud, Pretoria
Angola, Luanda
Éthiopie, Addis-Abeba
Kenya, Nairobi
Maurice, Port-Louis
Mozambique, Maputo
Chine, Pékin
Inde, New Delhi
Mongolie, Oulan-Bator
Oman, Mascate
Japon, Tokyo
Argentine, Buenos Aires.svg)
Bolivie, La Paz
Brésil, Rio de Janeiro
Canada, Ottawa
Chili, Santiago
Colombie, Bogota
Costa Rica, San José
États-Unis, Washington, D.C.
Mexique, Mexico
Nicaragua, Managua
Uruguay, Montevideo
Venezuela, Caracas
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Australie, Sydney
