Hyphen (aus griechisch Ὑφή ‚Gewebe‘) bezeichnen entweder die fadenartigen Vegetationsorgane von Pilzen (auch Pilzfäden genannt) und pilzähnlichen Protisten oder die Zellfäden von Bakterien der Ordnung Actinomycetales.
Die Gesamtheit der Hyphen wird auch als Mycel bezeichnet und bildet Fruchtkörper aus.
Der Durchmesser von Hyphen liegt zwischen 2 μm bis 100 μm, wobei sie verzweigte oder unverzweigte Formen ausbilden können. Hyphen können parallel aneinanderlagern auftreten, oder sich in Form von Plektenchym oder Pseudoparenchym zu Fruchtkörpern zusammenschließen. Pilzähnliche Protisten, sowie den meisten Schimmelpilze, bilden überwiegend unverzweigte Hyphen aus, die unseptiert sind, d. h. ohne unterteilende Septen. Die Hyphen von höheren Pilzen sind dagegen regelmäßig septiert und verfügen über Poren in den Querwänden, welche mitunter charakteristisch für die jeweilige Pilzgattung sind. Diese Art von Pilzfäden wachsen hauptsächlich im Bereich direkt hinter der Spitze.
Hyphen, die zur Aufnahme von Nährstoffen dienen, werden auch als Substrathyphen bezeichnet, während sogenannte Lufthyphen bei Pilzen für die Ausbildung von Fruchtkörpern sorgen. Außerdem gibt es Hyphen aus denen sich Dauer- oder Vermehrungsorgane bilden, wie Chlamydosporen oder Konidien.
Im Gegensatz zu Pilzhyphen haben die Zellfäden der Actinomycetales meist einen deutlich geringeren Durchmesser (von etwa 1 μm) als die Pilzhyphen und eine ähnliche Zellorganisation wie Prokaryoten.
Obgleich Hyphen als Charakteristikum von Dermatophyten (Fadenpilzen) gelten, werden sie unter bestimmten Bedingungen auch von einige normalerweise einzellige Hefepilze (wie z. B. Saccharomyces cerevisiae) ausgebildet.
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