Sars-Cov-2: Corona-virus i familie med SARS

Denne artikel er om et virus. For sygdommen se COVID-19. For udbruddet af denne virus, se coronaviruspandemien i 2019-2020.

Denne artikel eller dette afsnit er forældet. Hvis teksten er opdateret, kan denne skabelon fjernes. Se artiklens diskussionsside eller historik (Lær hvordan og hvornår man kan fjerne denne skabelonbesked)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), tidligere midlertidigt navngivet 2019-novel-coronavirus eller 2019-nCoV og uformelt kendt som Wuhan-coronavirus, er en ny type Corona-virus i familie med SARS. SARS-CoV-2 er en smitsom virus, som kan forårsage COVID-19, en luftvejsinfektion, som kan udvikle sig til Langvarig COVID-19.

Novel Coronavirus (SARS-CoV-2)
Novel Coronavirus (SARS-CoV-2).
Videnskabelig klassifikation
Domæne	Vira (Virus)
(urangeret)	Gruppe IV (+ssRNA)
Orden	Nidovirales
Familie	Coronaviridae
Slægt	Coronavirus
Arter
Novel Coronavirus (SARS-CoV-2)
Hjælp til læsning af taksobokse

SARS-CoV-2 blev oprindeligt identificeret i midten af december 2019 i millionbyen Wuhan i det centrale Kina efter mange mennesker fik lungebetændelse af ukendte årsager, primært knyttet til dem, der arbejdede på Huanan Seafood Market (華南 海鮮 市場), hvor der sælges levende dyr. Kinesiske forskere isolerede derefter den nye coronavirus SARS-CoV-2, som har vist sig at være mindst 70 % identisk med gensekvensen hos SARS-CoV. Den har dog endnu ikke vist sig at være så alvorligt eller så dødbringende som SARS. 20. januar 2020 bekræftede de kinesiske myndigheder og WHO, at virussen kan smitte fra menneske-til-menneske, Og med 7.700 personer smittet og 170 dødsfald erklærede WHO d. 30. januar 2020 den potentielt dødelige SARS-CoV-2 for en international sundhedskrise. I slutningen af januar vurderede kinesiske myndigheder virusset til at være en kategori B-sygdom på linje med AIDS, SARS og polio. Ikke desto mindre håndterede myndighederne det som en kategori A-sygdom, som Kina ellers kun har to af, nemlig kolera og byldepest.

Den 22. januar 2020 udgav Journal of Medical Virology en rapport med en genomisk analyse, som overvejer at slanger i Wuhan-området er citat: "the most probable wildlife animal reservoir" for virussen. Mere forskning på området er dog påkrævet.

En homolog rekombinationshændelse kan have blandet en "clade A"-virus (flagermus SARS-lignende vira CoVZC45 og CoVZXC21) med RNA-binding af en indtil videre ukendt Beta-CoV.

 

Isolaten Wuhan-Hu-1 (GenBank-nummer MN908947) af SARS-CoV-2 viser store fylogenetiske ligheder med to coronavirus-isolater fra kinesiske flagermus, som blev karakteriseret i 2015 og 2017.

Isolatens virusgenom omfatter 29.875 bp med 281 bp henholdsvis 325 bp lange uoversatte områder ved 5'-enden og henholdsvis 3'-enden. De formodede kodende områder fordeler sig på 10 proteiner: et 7096 aminosyre langt ORF1ab-polyprotein, et 1282 aminosyre langt overflade-glykoprotein kaldet spike, et 75 aminosyre hylsterprotein (E), et 222 AS membranglykoprotein (M), et 419 AS nukleokapsid-fosfoprotein og yderligere 5 proteiner (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF8 og ORF10). Disse udgør genfølgen i SARS-virus og alle coronavira.

Denne artikel eller dette afsnit er forældet. Hvis teksten er opdateret, kan denne skabelon fjernes. Se artiklens diskussionsside eller historik (Lær hvordan og hvornår man kan fjerne denne skabelonbesked)

Helgenomssekventering af SARS-CoV-2 og indføring i databaser kan give et overblik over genetiske mutation i virussens genom. GISAID-databasen indeholder sådanne genomdata og analyser af genomet ses også i forbindelse med Nextstrain.

Det findes [mindst] titusindvis af varianter af virusset. I Norden har man fundet varianter af virusset; således har man i Norge konstateret "over 40" variationer.

En person med svækket immunsystem fik igennem sit COVID-19-sygdomsforløb en længere række af mutationer, særligt i spike-proteinet.

Før Omicron-varianten viste sig i mennesker i Sydafrika i 2021, kan den have udviklet sig i dyr. Det usædvanligt store antal mutationer sammenlignet med den originale variant - omkring 50, inklusive mere end 30 i Spike-proteinet, dvs. næsten tre gange så mange som Delta-varianten - antyder en udvikling i en usædvanlig vært, jf. minksagen og zoonose.

Notable varianter

• Cluster 5: I Danmark er der indtil 5. november 2020 fundet fem typer af varianter af SARS-CoV-2 i mink. Statens Serum Institut (SSI) har navngivet dem som cluster 1-5. Blandt disse varianter er der konstateret syv forskellige mutationer i virussets såkaldte spike-protein på virussets overflade. Der har været ændringer i aminosyrerne H69del/V70del, Y453F, I692V og M1229I.

• B.1.1.207 er en variant som har en P681H mutation, som også findes i VOC-202012/01 fra Storbritannien.

• B.1.1.7 også kendt som VOC 202012/01 eller 20B/501Y.V1. Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i prøve fra den sydvestlige del af England. Varianten blev [først] kaldet VUI – 202012/01.

• B.1.1.317

• B.1.1.318

• B.1.351

• Udviklingslinje B.1.429 også kendt som CAL.20C

• Udviklingslinje B.1.525

• B.1.617 er den dominerende variant i Indien

• B.1.617.2. varianten kendes som “delta” og er mere smitsom

• udviklingslinje P.1 blev opdaget i Tokyo d. 6. januar 2021 af Kokuritsukansenshōkenkyūjo (NIID). Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i fire personer, der ankom Tokyo efter at have rejst fra Amazonas (delstat i Brasilien), d. 2. januar 2021.

Oversigt

First detection		Klassificering (Rambaut et al.)	Andre navne	Notable mutationer					Ref.
Sted	Dato
Nigeria	000000002020-08-01-0000aug 2020	B.1.1.207		P681H
Storbritannien	000000002020-09-01-0000sep 2020	B.1.1.7	VOC-202012/01, 20I/501Y.V1	N501Y, 69–70del, P681H
Danmark	000000002020-10-01-0000okt 2020	B1.1.298	Cluster 5, ΔFVI-spike (SSI), Covid-19-minkvarianter, DCGC-3024/2020, en af fem danske mink-varianter (cluster1-5)	Y453F, I692V, M12291I, 69–70deltaHV
Sydafrika	000000002020-12-01-0000dec 2020	B.1.351	501.V2, 20H/501Y.V2, VOC-202012/02	N501Y, K417N, E484K
Storbritannien   Nigeria	000000002020-12-01-0000dec 2020	B.1.525	VUI-202102/03 (PHE), tidligere UK1188	E484K, F888L
USA	000000002021-01-01-0000jan 2021	B.1.429	Q677H, S:Q677H, 677, Q677, B.1.429+S:Q677H
Japan   Brasilien	000000002021-01-01-0000jan 2021	P.1	Stammer fra B.1.1.28	N501Y, E484K, K417T
USA	000000002021-03-01-0000mar 2021	Q677P	677 eller Q677P stammer fra B.1.429	“Pelican”, “Robin” (Robin 1, Robin 2), “Yellowhammer”, ”Bluebird”, ”Quail” og “Mockingbird”
Storbritannien	000000002021-04-01-0000apr 2021	B.1.1.7	B1.1.7, “Cluster B117”
USA	000000002021-03-01-0000mar 2021 000000002021-04-01-0000apr 2021	B1.526	526	B1 (526-537) (STJ72853), P.1; P.2.

WHO navngivning af varianter

I nyhedsmedierne blev flere varianter navngivet efter det land, som varianten først blev konstateret i, for eksempel den "britiske variant" eller "engelske variant" for (B.1.1.7) og senere blandt andre også en "sydafrikansk" (B.1.351) og en "indisk" (B.1.617.2). Den Indiske regering beklagede i maj 2021, at mutationer fik landenavne. Den 31. maj besluttede WHO at mutationerne i stedet skulle benævnes med bogstaver fra det græske alfabet, således kom den "britiske variant" til af hedde "alpha", den "sydafrikanske variant" blev til "beta" og den "indiske variant" benævnt som "delta".

Missense-mutationer:

• D614G: En af de betydelige ændringer i SARS-CoV-2-genomet under COVID-19-pandemien forekom i receptorbindingsdomænet, nærmere bestemt spike-proteinets D614G-mutation. D614-varianten dominerede oprindeligt men blev udkonkurreret af G614-varianten.

• E484K, mutationen dannes på spike-proteinet på overfladen af virusset. Denne ændringen findes hos den [såkaldte] sydafrikanske variant og hos den [såkaldte] brasilianske variant, skriver medierne.

• N501Y

• S477G/N

• P681H

• ACE2
• mRNA-vaccine

•   Wiki Commons har flere filer relateret til SARS-CoV-2